按照朝廷的敕命，章军弟兄各有封赏：
洋鬼子汉纳根，按律不能获得实职，赐一品顶戴，双眼花铃，赏黄马褂，赐尚书衔。
刘永福，授台湾巡抚。
朴永烈，授朝鲜巡抚。
韩令准授平壤总兵，兼安州知府。
罗鸣芳，授台湾提督。
冯国璋，授朝鲜提督。
清朝管制，提督品级在总督之下，是总督的属官，但提督与总督的辖区是一致的，周宪章为台朝总督，那么，就应该有一个台朝提督，总管台湾、朝鲜的军事。不过，台湾和朝鲜相距甚远，一个提督不便掌控，周宪章打破常规，在两地分别设置提督，分别掌管两地的军队，朝廷也就听之任之。
那哈五身份特殊，接替周宪章，授湖广提督，并授兵部尚书衔，官居一品，这是遥领授职。光绪皇帝对这位皇叔，还是极为看重，他心里还指望着那皇叔辅佐他的皇位。
姚喜授副将。
吴佩孚授台北总兵，加兵部侍郎衔。
张作霖授彰化总兵。
张勋授台南总兵兼知府。
郭二杆授台中总兵。
蔡挺干授海军提督，领海军大臣衔。
李国革授澎湖知事，授总兵衔。
丁汝昌原本就是北洋水师的提督，擢升为海军提督，授兵部侍郎衔。
此外，盛大年和钱有贵均授户部侍郎，在台北效力。丘蓬甲授台湾布政使，吴彭年授台北知府，孟侬授彰化知府。其余章军官兵，各有封赏，将官升三级，士兵赏银五百两，阵亡将士家属由朝廷抚恤，赏银一千两，并免五年赋税。
周宪章代表章军官兵领旨谢恩。
其实，章军官兵和台朝两地的官员们，对于朝廷的封赏毫不在意，在台湾和朝鲜，朝廷的官衔已经没有什么实际意义了。周宪章早已任命了两地的军政官员，官员们也早已走马上任。接受朝廷的封赏，其实是给朝廷一个面子。
周宪章在任命各地地方官的同时，对章军进行了整编。将章军整编成了两个军。章军设司令
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