现在轮到沈默来做这件事，他没有发表刺激科甲官的言论，却默默的做了很多。
他知道，高拱和之前的官员之所以失败，是因为作为既得利益者的科甲官群体，对任何妨碍他们独吞官位，虎口夺食的举动，都会极为警惕，坚决反抗。一个人想和一个集团斗，哪怕是皇帝也不可能成功，唯一的办法，就是将这个集团从瓦解，让争论乃至争斗产生于集团内部。只有这样，才可能找到同盟军，取得斗争的胜利。
沈默正是这样做的，南京监生之乱后，他改革国子监教育，第一步是优化生源，首先停止接收捐监生……这是监生质量下降的根源。只接受各省学政推荐上来的生员，以及恩荫大臣的子弟。本朝的制度，对于大臣的儿子，有文荫或武荫。在大臣建功或是几年任满以后，照例可以荫子。文荫从荫一子入国子监读书起，毕业后直接授官。比如说严世蕃和徐阶之子徐璠，都是走的这条路。
然而对于仕途而言，这种不劳而获的荫生身份，非但不是大路，反而是种阻碍。是以严世蕃权势滔天，尚不能入内阁、掌枢机，徐璠刚当上工部侍郎，就被人盯上弹劾，不得不辞官回乡。
究其原因，还是因为监生出身的官员，普遍地位低下，能靠父兄攀上高位的数目极少，所以缺乏天然的同盟军，很难在科甲官的地盘生存。
现在沈默致力于提高监生的教育质量，改善生源之后，他更是恢复了原先严谨的积分加实习的学制，并且广聘名师坐堂。北京国子监由徐渭领衔，有陈绍儒、陈鎏、闵熙、华察、王世贞、徐中行、李贽等；南京国子监由耿定向领衔，颜山农、林云同、柯维骐、张献翼、林庭机、何心隐、余允文、冯越等当时知名大儒分而教之，昼则会撰共堂，夜则灯火彻旦，如家塾之教其弟子。
对于首辅大人的这项善政，官员们为了自己的子弟，自然不会反对。而大儒们也因为被重视被尊敬，而为他大唱赞歌。当然那些尚未及第的平民士子会感到焦躁，尤其是屡考不中者，更是将其视为自己失败的原因。几乎每年都要为此闹事，但这一次，朝廷宣布连开两年科举，所有的噪音马上就销声匿迹了。
所以沈默能有一个比较愉快的心情，为北京国子监的毕业生们践行。那天是个难得的好天气，艳阳取代了寒风，一扫冬日的严寒，沈默在三公槐下，对这七十八名毕业生，以及五百多名在校监生，讲出了一番肺腑之言。
“历代朝廷选拔人才，为国家出力，自应当不论出身、唯才是举！本朝更是立贤无方，惟才是用。太祖高皇帝时，用人之途最广，僧、道、皂隶，咸得至九卿、牧、守，大臣荫子，至八座、九卿者，亦不可缕数。然而宣德以后，独重进士一科，虽乡举岁贡，莫敢与之抗衡，而大臣恩荫，高者不过授五府幕僚，出典远方郡守而止，即便有卓荦奇伟之才，若不从科目出身，终不得登堂入室，为国家展采宣猷，终身不得其志矣……”
沈默一番话，把过去二百年来，监生们江河日下的地位勾勒出来，引得全场无不黯然神伤。然后他话锋一转，大声道：“一直有人说，这是因为科甲官排挤所致。我相信，哪怕现在，持这种想法的也大有人才。然而我告诉你们，这是大错特错的。你们要知道，开国初年，便是监生与进士并举。那时经过严格教育、谙熟政务的监生，表现要远远强于进士。以至于后来，国朝曾经有十年未开科举，朝廷官员尽数采用监生，当时的名臣大僚，都是清一色的监生出身。如果说要排挤，也应该是你们排挤进士才对，怎么能挤着挤着，又被人家后来居上了呢？这显然要从别处找原因！”
“
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