行政机构，终于完成了权力的转移，内阁独揽大权，再无司礼监掣肘……至少在皇帝勤政以前，位于皇城东南角的文渊阁，就成了大明朝真正的权力核心。
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落实《陈五事疏》以后，另一件事情也刻不容缓了。那就是高拱去后留下的权力空白，需要马上填补。
首先，高拱原先除首辅外，还兼任吏部尚书。现在天官出缺，经由廷推之后，朝中最负重望的大臣杨博，接任了这个职位。
这时候，久病的大学士高仪去世了，加上张居正病休，内阁中只剩下沈默与张四维两个。增补大学士刻不容缓，经过廷推之后，吏部左侍郎魏学曾、礼部左侍郎诸大绶、右都御史陆树声入阁。
高仪还空出了礼部尚书，由南京礼部尚书孙铤接任。
在这一系列人事变动中，沈默始终谨守着廷推的原则，并未干涉过人选的确定，并且通过圣旨明确规定，今后凡是四品官员的任命，必须由吏部尚书主持会推，三品以上官员，必须经由内阁大臣和部院长官廷推方可任命，其他方式无效。
这本就是约定俗成的规矩，沈默只是以圣旨的形式，将其法令化和确定化。而且沈默凸显了吏部尚书的职权，并未使内阁一家独大，而是实行中枢机构的二元制，即天官和受辅分权制衡，这让杨博十分的满意，也堵住了说他要独裁的悠悠众口。
在入阁人选上，除了诸大绶之外，魏学曾和陆树声，都不算沈默的亲信，这又让人看到了首辅大人的一颗公心。然而实际上，魏学曾号称大炮，陆树声是嘉靖二十年的会元，都是出了名的道德之士，两人有个共同的特点，那就是没有私党，也不会结党。一个月后，刑部尚书马自强致仕，由本部左侍郎孙鑨接任。诸人以外，工部尚书朱衡、左都御史葛守礼留任。至此，京中内阁、六部和都察院的大僚确定下来，沈默便适时推行他的‘以用舍刑赏还公论’，规定但凡军国大事、国策制定等朝廷重大事项，必须经由廷议，如果无法议出结果，则以投票决策。像廷推一样，廷议自来就有。至于投票决策，这也不是新鲜玩意儿了，当年‘封贡议和’之时，高拱便玩过这手，当时便十分顺利的推行，现在沈默将其固定下来，自然也没什么阻力。
最初百官担心，沈默将司礼监手中的权力收归内阁，会不会展开前无古人的独裁，那样不管他沈阁老多么德高望重，百官也不会跟他合作的。但是沈默将最重要的人事权和立法行政权再次从内阁分出，交由公卿大臣共同决策，这下子就迥异于高拱那样的独裁者，反而给人以推诚布公，集思广益的感觉，这是他少受非议的重要原因。
然而只有对朝政最谙熟者才会明白，沈默仍然掌握着说一不二的权力，因为在六部之中，沈默的同门亲信，便占据了兵、刑、礼三尚书以及十二位侍郎中的七人。无论是廷推还是廷议，都有人数过半的优势，这样无论他想做什么，还是没有人能反对。
不过这终究让大家看到了希望，再不是严嵩、高拱时期那样的一言堂——只要你有足够资格参加廷推就能参与进国家大事的决策，这样最低可以保证自身的利益，最高可以决定国家的走向，还有什么不满足的呢？
毕竟在之前，大家已经做好首辅独裁的准备，现在沈默却把权力与大家分享，虽然他仍然占大头，但大家都视之为天经地义，至少在目前这个阶段，都是很满足很满足的。
这是对高级官员的安抚，对于中下层官员，首相大人的精力，主要放在了解决京官的生活问题上……
隆庆六年十月，有大臣上书言事，说礼部的六品主事，因为家贫，母亲去世无法发丧。为此，沈默要求有司调查在京官员的生活状况，得出的结果令人大吃一惊—
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