政权中担任要职，母亲更是帕竹王族的嫡系，且夫妻俩都是格鲁派信徒。
到这时，格鲁派与其他教派最大的区别彻底显现――那就是强烈的政治性！
当索南嘉措长大成人，接任格鲁派领袖时，形势又一次对他的教派非常不利――虽然仁蚌家族被赶下台，然而帕竹政权衰落不堪，另一个豪族辛厦巴家族趁机掌权，这个家族仍然支持红教，不仅把主持祈愿大法会的资格还给了红教，还禁止格鲁派僧侣参加大法会。
格鲁派再次在拉萨被边缘化。为了生存，他们不遗余力地寻找其政治与军事上的新的保护人和支持者，以期摆脱这种被歧视、排挤甚或夭亡的窘境。但是西藏地区已经没有可以胜任的势力了。
就在这时，俺答汗强势经营青海，其展示的实力，远超过藏区的任何势力，很多藏族的僧俗己归附于他。很显然，格鲁派将寻找后台的目光落在了他的身上……问题是，虽然俺答的儿子，驻守青海的丙兔台吉已经皈依了喇嘛教，俺答对这种宗教也不排斥，但并不允许他在属民中传播。
根据可靠情报，索南嘉措的舅舅阿兴喇嘛，已经秘密到过呼和浩特，求见了俺答，具体的谈话内容不得而知，但结果是俺答将阿兴喇嘛奉为上宾，并派自己的儿子丙兔台吉，邀请索南嘉措往呼和浩特一晤，但索南嘉措却没有立即答应。
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因为几乎同时，来自大明宰相的邀请，也摆在了索南嘉措的面前。
虽然这些年，俺答汗让大明王朝很没面子，并将明朝在青海塞外四卫全都拔出，只剩下一个西宁卫。但藏地，毕竟还是奉大明为主的――当初永乐皇帝在藏地封三大法王，分领喇嘛教；封护教五王，分领广袤藏地，并允许他们定期朝贡……因为朝廷向来秉承‘薄来厚往’的朝贡政策，其实明摆了，就是给这些藩篱土王以好处，换取他们乖乖听话不。所以自永乐至今，藏地僧俗领袖争相朝贡，虽然加重了国家财政的负担，但也正是因为这种输血，使得明与藏地仍然维系着主臣关系。
是赴俺答的约还是赴大明的约，如果是一般人，大抵会选择前者，毕竟当时大明还未表现出收复河套的意图，本着‘县官不如现管’的指导思想，也会先把大明的约会搁一边，以免惹恼了俺答。
但作为史上最强的政治喇嘛，索南嘉措没有犯糊涂，就刚刚举行的军阅，他详细询问了借助大明驿传系统而来的驻京僧侣，并得出了明朝可能要有大动作，即使没有大动作，也有大决心的判断。在这个节骨眼上，他若是置大明宰相的邀请于不顾，去赴明朝大敌――俺答的约会，无疑将会得不偿失……至少索南嘉措这样认为。
于是他力排众议，马上回复大明，欣然动身启程。
出发前，力主与俺答见面的阿兴喇嘛，不无忧虑的问道：“俺答汗那边该如何回复？”
“诸葛亮还要三顾茅庐呢。”博学的索南嘉措答道：“一请便至，轻贱了本教，日后地位都受影响。”
“那，不怕被大明轻贱吗?”阿兴喇嘛心说你咋双重标准呢？
“我猜想，这次大明宰相和我们不谋而合了，我们又不打算在汉地传教，没必要做作。”索南嘉措淡淡道：“何况天朝上国的官员最爱虚荣，你敬他一尺，他就还你一丈，我们亏不了。”等到了半路上，才知道大明出兵河套，并顺利拿下了东胜城，俘虏了蒙古济农。索南嘉措在庆幸之余，更加确信了自己的判断……大明是想让自己，来完成战场上做不到的事情了。
索南嘉措不会拒绝，因为有大明支持的话，他在草原上传教，变如虎添翼。如果能收服蒙古人，又和大明搞好关系，格鲁派就不是为生存发愁，而是要考虑如何领导全藏了。
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