军户，均由五军都督府直接管辖，而不受地方行政长官的约束。所有军户皆为世袭。每个军户的在卫军士，其主要任务是在固定的卫所充当额军，被称为正丁。正丁子弟为次丁或余丁，正丁死亡，要由该军户的次丁、余丁依次递补。若本户绝嗣，则要由同族人递补。
五军都督府虽是全国最高军事机关，但只负责各都司卫所军队的管理和训练。军队的调遣，军官的任免则权属兵部。国家遇有战争，由兵部秉承皇帝旨意，委派都督府官，或公、侯、伯出任总兵官。朝廷发给其印信，支结军队；战事结束后，将帅回朝复命，军队则各回卫所。明王朝这种分割将帅权力的军事制度，旨在避免将帅擅兵自立，危害朱氏中央政权。
明初，战争较为频繁的北部边地，朝廷派来的总兵官渐渐地变成了总领一方军务的固定官职，这时期的总兵官被称为镇守。镇守以下，独守一路的称为分守。独守一城一堡的称为守备。与主将同守一路的称为协守。总兵官又分正、副。下设参将、游击将军等官。总兵官是由朝廷派出的，比原都指挥使司等地方长官，位高权大，所以后来都指挥使司渐渐变为总兵官的下属了。
总兵官成为镇守地方的最高军事长官之后，因为担心其尾大不掉，拥兵自重，再有战争时，朝廷又要往下派员，称为巡抚。后来巡抚亦成定职，长驻地方。巡抚多以都御史或副佥都御史充任，因其要提管军务，所以又加提督军务，或赞理军务，参赞军务名义。这样一来，不仅原来的都指挥使司，布政使司、按察使司要受其节制，就连总兵官亦要听其指挥。
正统以后，北方局势日趋紧张，战争此起彼伏。当时修筑长城，或调兵遣将多涉及几个镇。为调节、辖制各镇，以利统一作战，朝廷开始派重臣出任总督或总制、总理之职。这样总督便又成为地方最高的军政长官。到了明朝末期，朝廷又于总督
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