军户,均由五军都督府直接管辖,而不受地方行政长官的约束。所有军户皆为世袭。每个军户的在卫军士,其主要任务是在固定的卫所充当额军,被称为正丁。正丁子弟为次丁或余丁,正丁死亡,要由该军户的次丁、余丁依次递补。若本户绝嗣,则要由同族人递补。
五军都督府虽是全国最高军事机关,但只负责各都司卫所军队的管理和训练。军队的调遣,军官的任免则权属兵部。国家遇有战争,由兵部秉承皇帝旨意,委派都督府官,或公、侯、伯出任总兵官。朝廷发给其印信,支结军队;战事结束后,将帅回朝复命,军队则各回卫所。明王朝这种分割将帅权力的军事制度,旨在避免将帅擅兵自立,危害朱氏中央政权。
明初,战争较为频繁的北部边地,朝廷派来的总兵官渐渐地变成了总领一方军务的固定官职,这时期的总兵官被称为镇守。镇守以下,独守一路的称为分守。独守一城一堡的称为守备。与主将同守一路的称为协守。总兵官又分正、副。下设参将、游击将军等官。总兵官是由朝廷派出的,比原都指挥使司等地方长官,位高权大,所以后来都指挥使司渐渐变为总兵官的下属了。
总兵官成为镇守地方的最高军事长官之后,因为担心其尾大不掉,拥兵自重,再有战争时,朝廷又要往下派员,称为巡抚。后来巡抚亦成定职,长驻地方。巡抚多以都御史或副佥都御史充任,因其要提管军务,所以又加提督军务,或赞理军务,参赞军务名义。这样一来,不仅原来的都指挥使司,布政使司、按察使司要受其节制,就连总兵官亦要听其指挥。
正统以后,北方局势日趋紧张,战争此起彼伏。当时修筑长城,或调兵遣将多涉及几个镇。为调节、辖制各镇,以利统一作战,朝廷开始派重臣出任总督或总制、总理之职。这样总督便又成为地方最高的军政长官。到了明朝末期,朝廷又于总督
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