入新四军后仍恶习不改，不可救药，为推动当时的“整风”运动，杀一儆百，决定执行枪决。纵队一面上报材料，一面准备开大会批斗后执行，军区政治部主任钟期光得悉后，立即带两个保卫干事从三仓赶到留城。下马后，他紧急召开纵队党委会，耐心开导：“贪污几十元就杀头，太重了，更不能借‘整风’运动乱开杀戒。20多岁人生道路还很长，要给他改造的机会，一个人的转变，总有一个过程，有的快些，有的慢些，要相信我们能把人改造好。革命，总是多一点人好！”有理有据的一席话，使纵队党委收回成命，最后给予王新民记大过处分。此后，王新民进步很快，1945年底打兖州时冲锋在前，非常勇敢，荣立战功。后来，他因残废复员回到如东县，一直保持革命军人本色，多次被评为省、市荣誉军人、模范。
1947年2月下旬，莱芜战役胜利结束后，钟期光乘坐的吉普车被一群伤员阻拦，要求送他们到医院治疗，个别伤员大声吆喝：“老子在前方拼命，你们在后方溜哒……”钟期光赶忙下车解释，说明坐汽车是为了工作，并答应到华野司令部后，马上派车来接送他们，这时，有个脾气暴躁的伤员冲上来，揪住钟期光，把他的纽扣和领章撕掉，脖子上拉破了皮。后来查明，是华野6纵队一个负轻伤的排长带头闹事，王必成司令员认为这个排长侮辱首长，情节恶劣，影响极坏，拟军法处置，以儆效尤。此时，江渭清政委从华野总部开会归来，他对王司令说：“这个排长我清楚，他家里贫苦，是抽壮丁抓进蒋军的，前年俘虏过来，去年10月在涟水保卫战中，敢打敢冲，流血负伤不下火线，战场上提拔为排长。”最后王江两位首长商定，此事交由华野政治部处理。被五花大绑的排长，泪流满面，跪在钟期光房门口请罪时。钟期光马上出门将他扶起来，叫警卫赶快给其松绑，并和颜悦色地对其说道：“悔过了就好咯！这等小事，不要请罪，今后要以此为戒，加强修养。”说完，交代警卫员带他去洗澡吃饭。过后他给江渭清政委打电话说：“这个排长悔过深刻，还是保留职务为好。”
1954年春，高存信将军从朝鲜战场凯旋回北京，后来调任南京军事学院任炮兵系主任、院党委委员，当时钟期光是学院副政委兼政治部主任。1955年夏，在肃反运动中，揭发批判“胡风反革命集团”的浪潮来势凶猛。一天，钟期光把高将军找去，平心静气地问他：“你认识一个叫阿垅的人吗？”高沉思后回答：“不认识”。钟期光开始有些惊讶，然后轻声解释“他还有一个名字叫陈守梅。”高立即回答：“这个人我认识，但我不晓得他还叫阿垅”。钟期光一听笑了，带着商量的口吻问：“请你讲讲他的情况？”接着高将军坦率陈述：“陈守梅原是黄埔军校第10期步兵队的，他与我们炮兵队楼际林、卢福宁等是浙江老乡，卢的书桌在我前面，陈常来看望他们，所以跟我也认识了，黄埔毕业后我和他没有联系。直到1939年，陈守梅到延安抗大学习，我们才见面，这才知道毕业后他参加了上海“八一三”抗战，面部受了重伤。他还是一个进步作家，写过长篇小说《南京血祭》，揭露日军在南京大屠杀中的罪行，但我没有看过他写的书。抗大分手后，一直没有会面，也没有书信联系。”钟期光听后，沉思片刻表态：“有人写信揭发你与胡风分子阿垅是亲密伙伴，刚才你说的情况和我们调查的材料没有出入，一般同学关系算什么问题！”后来，两个多月寝食不安的高存信又来解释说：“我与陈守梅的关系，实实在在就是如此。”钟期光安慰他说：“算了，讲清楚就行了，丢掉包袱，把炮兵系工作搞好！”钟期光一席话，使背着很重包袱的高存信如释重负，热泪盈眶。为查明真相，钟期光亲自到公安部查阅胡风、陈守梅案卷，又派人千里辗转找到黄埔同学楼际林、卢福宁等人调查了解，通过多渠道的调查落实，确认了高存信与陈守梅、胡风没有牵连。
1959年“反右倾整风运动”和1960年“三反运动”中，军事科学院有38名干部受到批判处分。1960年底，钟期光调任军事科学院副政委伊始，就接到许多要求平反的申诉信。叶剑英元帅将“反右”的甄别工作交给了钟期光。受命之后，他迅速组织班子，对批判材料逐项核实，把一些拼凑的不真实的材料从干部档案中抽出来交还本人。在这种情况下，一些当年专门整人的“左派”把矛头对准了钟期光，散布钟期光心怀野心，企图“拉拢这批犯错误的人”另立山头。对这种“一箭双雕”的中伤，钟期光及时向叶剑英汇报，叶帅告诉他：“坚持中央政策，完全错了的，完全平反；部分错了的，部分平反；没有错的，则不予修改。实事求是我支持！”有了叶帅的“尚方宝剑”，钟期光顶风击浪，率领一班人经过半年的认真细致的甄别，全院受批判斗争的38人中，完全平反的27人，对11个有一些问题的人，实事求是分别对原结论作了个别修改和部分修改。甄别工作扭转了军科院“万马齐喑”的沉闷气氛，遭受过打击的研究员吕士英等同志抛开贬辱，满腔热情投入编写我军第一代战斗条令，取得了许多丰硕的科研成果。
1963年9月，钟期光负责党委日常工作、政治思想工作和兼管战史部工作后，对当时的“左”倾思潮，特别是林彪对毛泽东思想的实用主义作法， 始终保持清醒头脑，并且力排众议，观点鲜明，提倡从立场观点和方法上学习毛泽东思想， 学习与个人创造相结合的主张；针对林彪一伙混淆政治和军事关系的谬论， 提出要“保证六分之五的科研时间”，政治思想工作主要是调动科研工作者的积极性； 在战史研究中坚持尊重历史，尊重事实的科学和求实态度。并坚决反对抛开其他元帅单独编辑林彪文选。
“文化大革命”中，钟期光被林彪集团强加了“反对毛主席和毛泽东思想”、“反对林副统帅”、“反对突出政治”等罪名，受到长期批斗、监禁和摧残，1973年被解除了隔离审查，1975年8月任军事科学院顾问，1978年冤案被平反。担任第五届全国政协常务委员，在中国共产党第十二次全国代表大会上被选为中央顾问委员会委员。1988年7月被授予1级红星功勋荣誉章。
1991年5月22日，这位久经考验的忠诚的共产主义战士、无产阶级革命家因心脏病突发而辞世。