，陈赓任纵队司令员兼政治委员，王新亭升任太岳军区司令员。
1945年8月13日，毛泽东在延安干部会议上作了《抗日战争胜利后的时局和我们的方针》的讲演，指出：“对于蒋介石发动内战的阴谋，我党所采取的方针是明确和一贯的，这就是坚决反对内战，不赞成内战，要阻止内战。……目前这个斗争表现为蒋介石要篡夺抗战胜利果实和我们反对他的篡夺的斗争。”时任太岳军区司令员的王新亭，正率领主力部队集中在山西平遥、介休地区，开展解除日伪武装的斗争。然而，盘踞在晋西南的国民党第二战区、山西大军阀阎锡山受蒋介石的秘密指使，暗中调兵遣将，在由国民党第八集团军副总司令兼第19军军长史泽波的指挥下，调集19军、61军等4个步兵军及一个挺进纵队，于8月中旬从临汾出动，经浮山、翼城，向以长治为中心的上党地区进犯。他们在日伪军的接应下占领太原，抢占同蒲沿线及我太岳地区的多座城镇，还侵占我军从日伪手中夺得的襄垣和潞城。根据这一情况，党中央和中央军委指示：集中太行、太岳优势兵力，首歼阎伪进入长治及周围6城之敌。9月7日，刘伯承、***下达发起上党战役的命令。10日凌晨2时，太行纵队在司令员陈锡联的指挥下，首先向屯留之敌发起进攻。经两日激战，一举拿下屯留，全歼守敌。13日，王新亭率太岳军区部队配合陈赓的太岳纵队，攻下长子。16日，陈再道率冀南纵队攻下潞城，太行纵队攻下壶关。我军以迅猛之势一举拿下长治外围城镇，使镇守长治的史泽波孤立无援。9月20日，我军开始对长治进行合围。24日，攻下长治北关等城关据点多处。此时，阎锡山命第7集团军副总司令彭毓斌亲率23军、83军及省防军共8个师、2个炮兵团的兵力，由太原出动前往长治增援，以解史泽波之围。晋冀鲁豫军区决定采取攻城打援的战法，将敌人援军歼灭在长治城外。军区当即下令太行纵队和太岳纵队主力兼程北上，在当亭以南的常隆、上村两侧设下埋伏，侍机歼灭增援之敌。同时命令王新亭部回师上党，堵击史泽波弃城逃跑之路。彭毓斌之援军到达老爷岭，被我伏击部队合围全歼，彭毓斌被击毙。困守长治的史泽波见援军无望，只好于10月8日组织兵力向长治西南方向突围。陈赓奉命率太岳纵队从虎厂亭直插沁水的马壁，控制沁河。王新亭部也赶往廊壁附近和沁河沿岸，堵击长治溃逃之敌。王新亭部和陈赓的太岳纵队在沁河经过数日激战，史泽波部2万余人全部被歼灭于沁河东岸的将军岭，敌总指挥史泽波被活捉。
1947年7月，人民解放军由战略防御转入战略进攻。中旬，毛泽东指示：陈谢纵队、秦基伟纵队、中原军区部队及38军由陈谢统一指挥，出豫西和刘邓大军渡过黄河南征。晋冀鲁豫军区决定，将晋冀鲁豫军区野战军更名为第八纵队，任命王新亭为司令员兼政委、周仲英为副政委、张祖谅为参谋长、桂绍彬为政治部主任。9月10日，徐向前、陈赓、薄一波发布命令，电示王新亭帅八纵主力即攻取运城。22日，军委再次指示：“新亭纵队应全力夺取运城。”。当即，王新亭组织部队作好战前准备。10月8日，王新亭指挥第八纵队主力出其不意，从东西北三面合围运城。攻城部队一鼓作气攻下了城外敌人据点多处。18日，占领运城城北飞机场。正当王新亭指挥部队对运城发起总攻之时，胡宗南调集4个旅的兵力向运城增援。于是，王新亭随即下令部队撤围打援。由于敌人兵力和地形的优势，撤围打援战斗仅歼敌3700余人，俘敌700余人，其余敌援军窜入运城城内。这样一来，对下步攻城会带来更大的困难。王新亭对这次失利，及时用书面材料报告徐向前和中央军委。11月22日，中央军委来电：攻之未克，打援又未全歼，在指战员中引起一时情绪不好，是很自然的。但我军精神很好，一二次打不好并不要紧，只要你们虚心研究经验，许多胜仗就在后头，望将此意向指战员解释。王新亭召开纵队团以上干部会议，传达了中央军委的来电。大家倍受鼓舞，一致表示组织好部队再攻运城，一定要夺取攻城的胜利。
此时，王震率2纵队从山东返回西北途经晋南，在晋南作短期休整。在徐向前与晋绥军区司令员贺龙商议之后，决定王震部协同王新亭再次攻打运城。经报请军委批准后，成立了运城前线指挥部，任命王新亭为前线指挥部司令员，王震为政委。12月25日拂晓，王新亭指挥部队对运城发起总攻。由于敌人城防工事坚固，高碉低堡密集，敌人火力十分猛烈，运城周围300米内无法靠近。当晚，攻城失利。王新亭、王震在前线阵地召开紧急会议，研究攻城办法。王新亭想起了4月份攻打曲沃时就是采用的坑道爆破的办法。会后，王新亭、王震分别前往前沿阵地。王震到二纵队，王新亭和参谋长张祖谅冒着枪林弹雨，沿着弯弯曲曲的战壕，穿过敌人一道道封锁线，来到城北一座窑洞。这里是第八纵队23旅指挥所，旅长黄定基正在召开营以上干部会议，研究攻城方案。黄定基提出挖掘强行坑道，炸开城墙的作战想法。王新亭走进窑洞，看到黄定基的想法和自己不谋而合，接上黄定基的话头说：“对!前两次攻城，我们都是采用跳板越壕、云梯登城而失败了，眼下只有采取坑道战破城了。这是攻取运城唯一的办法。”第二天一大早，王新亭来到69团作战前动员报告。他说：“根据情报，敌人的援兵正向我们逼近，估计不要一天的时间就会到达这里。是成功，是失败，就看今天晚上。攻下城来，敌人援兵不打自退，攻不下来，我们就会腹背受敌。现在摆在我们面前的只有一条路，今晚一定要攻下运城!”12月27日黄昏，爆破队点燃了炸药。一声巨响，运城城墙被炸开约20多米宽的缺口。随即，67、69团两个营冲过缺口，迅速攻上城墙并占领城北门楼。接着，张国斌亲自率领一营冲上缺口进入城内。敌人迅速调集兵力，集中火力封锁缺口，攻城部队被敌人强大的火力压了下来，张国斌等入城部队被敌人包围在城内。在这紧急关头，王新亭下令黄定基团不惜一切代价，坚决打开突破口，同时命24旅投入战斗。经过激烈的争夺战，突破口终于被我军再次打开。23、24旅迅速攻入城内，与敌人展开短兵相接的巷战。很快攻克运城，取得了三打运城的伟大胜利。
运城解放后，临汾成为蒋阎敌军孤悬晋南的唯一设防据点。临汾守敌达25000人，由阎锡山第六集团军副总司令、晋南地方武装司令梁培璜为总指挥。临汾号称“卧牛城”，城高墙厚，内高外低，历史上，明末李闯王曾攻打不下，绕道而行。城里以高碉为主的集团工事，实属易守难攻。在攻城的
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