浏阳五区的一个农户家中养伤。乡亲们为防止走漏消息，白天将彭绍辉藏到后山草丛中，晚上再背回来。乡亲们想方设法给他弄来猪肉和鸡蛋为他补养身体。在根据地群众的掩护下，3次从敌人眼皮底下脱险。1929年8月，彭绍辉担任了红五军第二纵队二大队教导队队长，后来教导队与随营学校合并，任大队长。1930年7月，他奉命带领部分学员到红五军第一师第一团，担任团长。9月，红三军团在方面军建制内第二次围攻长沙，彭绍辉率部担任攻击乌梅岭的任务。进攻受阻后，他带伤指挥战斗，最后随军主力撤至江西临江中央革命根据地。
在中央根据地第一、第二次反“围剿”作战中，彭绍辉率领部队配合主力出色地完成了任务，被提升为第四师参谋长。1931年7月，第三次反“围剿”战斗打响后，彭绍辉代理三团团长，参加了莲塘战斗和高兴圩战斗，在右肩中弹和右手虎口负伤的情况下，忍痛作战，直到战斗胜利结束。不久，又调到第三师十团任团长。 1931年10月，彭绍辉被调到新成立的红军学校任二队队长。11月，出席了中华工农兵苏维埃第一次全国代表大会。1932年3月，他调任红三军团第一师参谋长，6月，升任第一师师长。1932年底，蒋介石发动了第四次大规模“围剿”。在反“围剿”作战中，彭绍辉率部先后参加了黄狮渡战斗、邵武战斗和浒湾丰山铺战斗，出色地完成了任务。1933年2月，在宜黄南部进行的伏击战中，他率第一师歼国民党军五十九师1个旅，俘国民党军2000余人，缴获武器1400余支。3月中旬，在霹雳山战斗中，带头冲向敌阵，率部占领了国民党军十一师阵地，重伤国民党军师长尚乾。在追击歼敌的战斗中，他左臂中弹，臂骨被击碎。因伤势严重，医生只得锯掉了他的左臂，从此成了独臂将军。他以惊人的毅力学会了独臂打绑腿、骑马等军事行动，很快适应了战斗生活。由于他在粉碎敌人第四次“围剿”中立下了卓越战功，中央军委于1933年8月1日授予他二级红星奖章。1933年9月，第五次反“围剿”斗争开始。彭绍辉奉命组建了兴国模范师，并任师长。不久，他奉命回前方，担任红五军团三十四师师长。1934年初，率部在建宁、将乐之间的光明山阻击国民党军八十八师。战斗中，他下颔骨被打碎，但他始终坚持自火线，带伤完成了钳制任务，受到了中央军委的通令嘉奖。4月，参加了保卫建宁的战斗。第五次反“围剿”失败后，彭绍辉随中央红军开始了长征。
长征初期，彭绍辉率十五师（后改编为红一军团第三师）担任掩护主力转移和掩护军委纵队的任务。遵义会议后，调任红一军团司令部教育科科长，后又调回红三军团任教导营营长。他高风亮节，从来没有因职务的调整而影响工作。 1935年6月，红一方面军和红四方面军在懋功会师。不久，彭绍辉遵照中央决定，到红四方面军三十军担任参谋长。当红四方面军到达四川西部阿坝地区时，张国焘开始了分裂党、分裂红军，另立“中央”的一系列活动。彭绍辉立场坚定，
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