区政府的财政负担。1943年3月，毛泽东得知关中军分区所属部队不但教育训练抓得出色，而且大生产运动全面丰收的消息后，十分高兴，亲笔题词“生产教育二者兼顾 书赠文年生同志”，这不但是对文年生个人的肯定，更是对文年生、阎红彦领导的警备第1旅（兼关中军分区）的褒奖！
1945年4月参加了中共七大；9月调任晋冀鲁豫野战军第三纵队副司令员。11月参加了邯郸战役，改任第三纵队（司令员陈锡联）副政委兼政治部主任。1946年6月第三纵队出击陇海路。9月参加定陶战役。1947年3月参加豫北反攻。6月30日渡过黄河参加鲁南战役，8月挺进大别山。10月，阎红彦通过做商人资本家工作，筹措到大量布匹棉衣，解决了部队冬衣问题。11月白崇禧围攻大别山，三纵留守大别山坚持内线作战。1948年1月，陈锡联、阎红彦指挥三纵牵敌围绕大别山进行了十八天的“打围子”战斗。11月6日淮海战役开始，三纵阻击从蚌埠向北增援之敌，12月15日会攻双堆集，歼灭黄维兵团。1949年2月任第三兵团（司令员陈锡联，政委谢富治）副政委兼政治部主任；4月参加渡江战役，第三兵团进驻芜湖地区，10月中旬到湖南常德集结。11月兵团进军川黔，月底解放重庆，阎红彦任重庆军管会主任。12月，中共川东区委和川东人民行政公署成立，阎红彦任党委副书记兼行署主任和川东军区副政治委员，进行清匪反霸土改工作。
全国解放后，1951年，阎红彦任中共四川省委副书记兼省人民政府副主席。1952年任中共四川省委书记、副省长兼中共重庆市委第一书记、西南行政委员会委员。1955年1月被四川省人代会选为四川省（省长李大章）副省长。9月23日被授予上将军衔，任成都军区第一副政治委员，获一级八一勋章、一级独立自由勋章、一级解放勋章。1956年9月当选为中共第八届中央候补委员。1959年8月，调任中共云南省委第一书记；11月兼昆明军区第一政委、军区党委第一书记、云南省政协主席、中共中央西南局书记处书记。1966年8月到北京参加中共八届十一中全会，他在小组会上坦诚而又注意措词地讲了自己的看法，未受到重视。10月在京参加中央工作会议，会上有人污蔑“***在淮海战役中动摇，企图后撤”，阎红彦立即站起来反驳，康生很快就把阎红彦列入“反革命修正主义分子黑名单”，接着**指使北京“红卫兵第三司令部”增派力量分批南下，帮助云南“紧紧掌握斗争大方向”，集中揪斗阎红彦。11月初，阎红彦回到昆明，受到残酷迫害。1967年1月2日，昆明“造反派”酝酿“夺权”，扬言“哪里抓到阎红彦就地处决”，4日在昆明市中心召开批判阎红彦的大会。为了保护阎红彦，昆明军区司令员秦基伟在当天下午5时，把阎红彦和夫人王腾波秘密送往昆明市郊一个军事要地――距离市区约十余公里的小麦峪（驻扎有省军区一个警备团）。6日被抄家；1月7日一大早，造反派大队人马开到云南省军区，硬逼着军区领导立即交出阎红彦，被军区政委张力雄拒绝；1月8日凌晨1时，阎红彦在电话中与陈伯达激烈争吵，大约4点多钟，几天来都没法找到阎红彦的造反派，现在“根据可靠情报”，开着一队队汽车朝小麦峪冲来，当时阎红彦已经在极度压抑悲观情绪下服安眠药自杀，时年五十八岁。他是唯一一个在“文革”中自杀身亡的解放军上将。
1977年11月27日，由云南省委向中央上报关于阎红彦问题的结论报告，中央决定为他平反昭雪恢复名誉，并且将骨灰移放到北京八宝山公墓骨灰堂正厅中区。1978年1月24日，八宝山举行了阎红彦骨灰安放仪式。