抗日，我党为了建立抗日民族统一战线，于1937年在迪化（乌鲁木齐）设立了“八路军驻新疆办事处”。陈云、邓发先后任中共驻新疆代表和八路军驻新疆办事处负责人。我党在新疆工作的同志在党代表的领导下，坚决贯彻执行党中央制定的方针、政策，积极发展新疆的抗日救亡运动，支援全国抗战；并在维护国际交通线的畅通，培养军事技术人员、帮助发展新疆的政治经济、文化、教育事业等方面做出了重大贡献。
1939年9月，陈潭秋奉命回国，任中共中央驻新疆代表和八路军驻新疆办事处负责人。他同新疆军阀盛世才进行了灵活巧妙的斗争。当盛世才公开走上反苏**道路时，1942年夏，党中央同意在新疆工作的共产党员全部撤离。陈潭秋把自己列入最后一批，表示：“只要还有一个同志，我就不能走。” 1942年，国内外形势发生了变化，盛世才公开投靠了蒋介石，走向**反人民的道路，同年九月将陈潭秋、毛泽民、林基路三位同志，以及在新疆的中共人员逮捕入狱。至此，我党与盛世才的抗日民族统一战线最后破裂，八路军驻新疆办事处随之关闭。1943年9月，陈潭秋、毛泽民、林基路被盛世才杀害。1942年9月17日，陈潭秋被捕。敌人对陈潭秋施以酷刑，逼迫他“脱党”。陈潭秋拒不屈服。1943年9月27日，陈潭秋被秘密杀害于狱中，时年47岁。