的大力支援下，台湾终于度过了法军封锁所引起的社会经济危机，使敌人的封锁计划完全破产。
1885年3月初，法军增兵大批到达，1300余名精锐猛扑月眉山，5日又出动2000名直攻戏台山。 法军多次进攻，用了不少气力，始终没能得逞。为了摆脱进退维谷的困境，法军于3月29日向澎湖发起进攻，31日占领澎湖岛。但因法军镇南关大败，导致茹费理内阁倒台。清政府决定“乘胜即收”，4月4日与法国签订停战协定。1885年6月9日，《中法合订越南条约》在天津正式签订，中国承认越南为法国的保护国，开放蒙自、龙州两地与法国通商，法军撤出基隆、澎湖，并撤销对于中国海面的封锁。在中国军民的英勇抵抗下，法国侵占台湾的战争以失败而告结束。刘铭传领导台湾军民顽强坚持战斗，苦战数月，为中法战争最终取得胜利作出了极大贡献。
接连不断的外国列强的窥伺和侵略，尤其是日本和法国的两次大规模侵台战争，使清政府逐渐认识到台湾是“南洋之枢纽”：“七省之藩篱”，加强建设、巩固海防已属刻不容缓。在此之前，1874年清政府已采纳沈葆桢建议，设立了福建巡抚冬春驻台，夏秋驻省的制度。在以后的具体实施中，由于福州、台湾远隔重洋，实则难以兼顾。中法战争，台湾成为一个重要的战场，战争暴露了清政府在军事上的突出弱点，尤其是海防的薄弱，这在战后成为清廷内部讨论的主要议题。在几经讨论后，1885年，清政府决定台湾正式建省，改福建巡抚为台湾巡抚，任命抗法有功的原福建巡抚刘铭传为第一任台湾巡抚。
首任巡抚刘铭传是清末洋务运动中比较具有时代眼光、革新思想和实干精神的杰出代表人物。在他任职巡抚的六年（1885-1890）中，建立海军，巩固海防；兴建铁路，建设交通；设电报总局，架设水陆电线，改善了岛内外的电讯交通；兴办新式企业、商店；购买轮船，发展商务；抚番与垦荒“耕织自精，货财自殖”； 整理财政，整顿税收；提倡新式教育，培养专门人才；增设府县，便以管理……对台湾的国防、行政、财政、生产、交通、教育，进行了广泛而大胆的改革，全面推进台湾的近代化进程，使台湾的面貌焕然一新。这次自强新政是清朝统治台湾200年中最重要、也是最后的一次改革，推动了台湾社会经济的发展，加速了台湾迈向近代化的步伐。刘铭传立志建设一个近代化的台湾：“倡淮旅，练洋操，议铁路，建台省，实创中国未有之奇”。
然而，刘铭传的改革是在当时已经腐烂透顶的清政府支配下进行的。推行过程中，他遇到了来自各方面的阻力，不少人对他进行掣肘、攻击与诬蔑，迫使他不得不于1891年告病辞官而去。继任的台湾巡抚邵友濂眼光短浅，思想僵化，尽废刘铭传新政，清代所实行的惟一有计划、有成效的改革就此夭折了。1896年，刘铭传在家病逝，清追封太子太保，谥壮肃，准建专祠。