认识到，元朝之所以灭亡，除了统治者本身的素质以外，整个社会失于教化也是一个原因。因此，一登上皇位，他就采取了一系列强制措施，兴建学校，选拔学官，并坚持把“教育工作”作为衡量地方官政绩的重要指标。
朱元璋在位期间，为了缓和尖锐、复杂的阶级矛盾、民族矛盾和统治阶级内部各集团之间的矛盾，实行了抗击外侵、革新政治、发展生产、安定民生等一系列有利于社会前进的政策，在政治、经济、军事、思想等方面大力加强君主专制的中央集权统治。同时朱元璋多次派军北伐蒙古，取得多次胜利，最终在捕鱼儿海灭亡北元朝廷，维护了国家的统一。
明朝初年国力强盛，经洪武、建文、永乐三朝励精图治，至明宣宗的近百年间，明朝以北进蒙古高原，南征安南，伐锡兰，羁绊马来诸岛族。明初天下大治，洪武之治、永乐盛世、仁宣之治一个接一个，一派盛世景象。
朱元璋性格极端，为了巩固中央集权在位期间效仿了汉高祖刘邦大肆屠戮功臣，朱元璋两兴大狱，即“胡蓝党狱”：“胡蓝党狱”牵连总人数在十多万人，一批批功臣宿将被无辜冤杀，许多无辜官员百姓也被牵连其中遭受灭族之祸，马皇后宽厚贤德多次劝荐挽救过很多许多人的性命，但马皇后是唯一能阻止朱元璋拿起屠刀的人，马皇后去世后朱元璋杀伐更甚，直至其生命终结。这给朱元璋留下了累累恶名，朱元璋的极端个性很大程度上，维护了中央政权的稳固，却也为日后的靖难之役，埋下了伏笔。
朱元璋在位三十一年，1398年6月24日，71岁的朱元璋驾崩，葬于钟山南麓的孝陵，谥号“圣神文武钦明应运俊德成功统天大孝高皇帝”，庙号“太祖”。