两方面都表现出极强才干的林丹巴图尔怎么会犯这种低级错误，而且是致命的低级错误？
林丹巴图尔改宗红教，这不可避免地在政治上产生了巨大的波澜。信仰黄教的各部首领都心怀不满，对林丹汗逐渐疏远。而黄教的僧侣们，也把林丹汗统一蒙古的战争看作是宗教战争，开始支持他的反对者。
如果一开始林丹巴图尔是因为年轻，没有意识到这方面的严重性，但等到严重的后果日渐显现之后还不做调整，那就只有一个可能了，就是林丹巴图尔有些过于自信了。
过于自信就是最大的愚蠢，在旁观者朱检由看来，在现在的形势下，即便成吉思汗复生，如果也这么一意孤行下去，那最终的结局不会和林丹巴图尔有什么不同。
志大才疏，林丹巴图尔和真实的朱由检这两个同时代的、年纪相差不到二十岁的末世帝王真是太像了，他们一开始都表现出了一定的才干，但他们的才干相对于他们的志向而言，事实证明是远远不够的。
时来天地同助力，运去英雄不自由。林丹巴图尔的愚蠢似乎把自己的运气全都给搞没了，从此事事不顺，倒霉每每都倒到了极点。
万历四十七年，努尔哈赤取得了萨尔浒大捷，从此明朝再也无力进攻，完全陷入防守。同年七月，努尔哈赤率得胜之师进攻辽东重镇铁岭，明军兵少将寡，士气低落，铁岭岌岌可危。
在辽东，林丹巴图尔和明朝的利益是一致的，一荣俱荣，一损俱损。林丹汗迅速采取了行动，他令内喀尔喀联盟的宰赛率军一万驰援铁岭。可惜，新败的明军没有坚持到这支援军的到来。铁岭陷落，努尔哈赤率得胜之师正面迎击宰赛的援军。士气正盛以逸待劳的八旗军再一次取得了胜利，蒙古军全线溃败，而最严重的是统帅宰赛及其两个儿子被俘。
铁岭之败，对于林丹汗来说，还可算是胜败兵家常事，但对于内喀尔喀联盟来说却是极大的打击。此时，盟主卓里克图洪巴图鲁年事已高，联盟的主要事务，都是由年富力强的宰赛来承当，其人已经成为实际上的盟主和未来盟主的继任者。他的被俘，内喀尔喀联盟惊惧不已，一时不知所措。
努尔哈赤掌握了宰赛父子，也就捏住了内喀尔喀联盟的要害，他们不得不在是年十月遣使求和，要求与努尔哈赤会盟。十一月，内喀尔喀五部所有有实力的首领以卓里克图洪巴图鲁为首与努尔哈赤举行了会盟大会，相约一同针对明朝作战。
通过这次会盟，内喀尔喀联盟秉承林丹汗的意志抵抗女真人的情势，被一朝消解。
天启初年，努尔哈赤攻克辽东重镇沈阳，然后仅留少量部队留守，其余大军一鼓作气连下70余城。林丹汗见大金后方空虚，便率军兵临沈阳城下，试图解救被拘押的宰赛，但结果却被八旗少量的留守部队击溃，林丹汗败退。
内喀尔喀联盟见武力解决无望，只得用上万头牲畜的赎金赎回了宰赛，而这毫无疑问，对林丹汗的声望又是一次重大打击。