集团军：驻地辽宁本溪（乙类集团军）
第X师（装甲师）
第190师（步兵师）
第191师（步兵师）
南京军区： 1集团军：驻地浙江杭州（甲类简编集团军）
第1师(机械化师）
第3师（摩步师）
第7师（摩步师）
导炮旅
电子对抗分队
12集团军：驻地江苏徐州（乙类集团军）
第2师（装甲师）
第36师（机械化师）
31集团军：驻地福建厦门同安县（乙类集团军）
第86师
第91师
第92师
高炮旅
地炮旅
装甲旅
济南军区： 54集团军：驻地河南新乡（甲类重装满编集团军）
第127师（机械化师）
第162师（机械化师）
第130师（混成师）
第X师（装甲师）
防空导炮旅
地炮旅
特种兵大队
电子对抗大队
陆军航空兵大队
20集团军：驻地河南开封（乙类全装集团军）
第11师（装甲师）
第58师（步兵师）
第60师（机械化师）
高炮旅(59师改）
26集团军：驻地山东潍坊（乙类集团军）
第8师（装甲师）
第138师（步兵师）
第199师（摩步师）
高炮旅
67集团军：99年被撤编 主力199师编入26集团军
广州军区： 41集团军：驻地广西柳州（乙类集团军）
第121师（摩步师）
第123师（步兵师）
第164师（步兵师）
高炮旅
舟桥团
42集团军：驻地广东惠州（乙类集团军）
第124师（机械化师）
第125师（步兵师）
第126师（步兵师）
导炮旅
装甲旅
舟桥团
高炮团
特种兵大队
陆军航空兵大队
兰州军区： 21集团军：驻地陕西宝鸡（甲类集团军）
第4师（装甲师）
第61师（步兵师）
第62师（步兵师）
第63师（机械化师）
陆军航空兵大队
47集团军：驻地陕西临潼（乙类集团军）
第X师（装甲师）
第139师（步兵师）
第140师（步兵师）
第141师（摩步师）
成都军区： 13集团军：驻地重庆（甲类集团军）
第37师
第38师
第145师(机械化师）
装甲旅
陆军航空兵大队
14集团军：驻地云南昆明（乙类集团军）
第40师（步兵师）
第49师（步兵师）
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第39集团军的前身是红军时期的红15军团。该军团由两部分组成：一是红军长征最先到达陕北的红25军；另外一部分是陕北苏区的红26军。红15军团是1932年红四方面军从鄂豫皖根据地突围后，留在苏区坚持斗争的五个团重新组建的，由徐海东任军长(后由程子华任军长，徐海东任副军长，吴焕先任政委)，坚持大别山斗争。后根据周恩来的指示和鄂豫皖省委的决定，年轻红25军的二千健儿告别了父老乡亲，踏上西征的征途，留下的一个团后来组建为红28军，坚持大别山红旗不倒(以后发展为新四军第二师，华东野战军第二纵队，即今日中国陆军重点集团军之一的第二十一集团军的前身)。
红25军在千里西征中孤军奋战，经历了残酷的斗争考验，军政委吴焕先壮烈牺牲，军长程子华，徐海东先后身负重伤。经过艰苦转战，率先到达陕北苏区，与刘志丹、高岗领导的红26军会合，组建红15军团。徐海东任军团长，程子华任政委，刘志丹任副军团长，高岗任政治部主任。红15军团组建后顽强阻击敌人的围剿，胜利迎接了红一、二、四方面军的远征到来。
第39集团军就是由这样两支具有红军光荣传统的部队组成的。
抗日战争爆发后，红15军团编为八路军115师344旅，旅长为赫赫有名的徐海东将军。344旅在挺进华北之初，由于不熟悉日军的作战特点，惯于猛打猛冲，指挥比较机械，同时政治工作薄弱，造成部队伤亡，尤其是军官的伤亡较大，官兵们很有怨言，甚至发生了副团长带队投敌的事件，这是第39军抹不掉的历史耻辱。为此，朱德总司令亲临部队严厉批评旅的主要干部，不久徐海东等陆续回延安学习，军委任命杨得志为代旅长，黄克诚为政委。部队后扩大为八路军第五纵队，由总部直接领导。1940年根据中央发展华中的命令，黄克诚率第五纵队大部南下华中，留在华北的部队日后发展为二野的第六、第一纵队的一部分(即今天第12集团军，第16集团军之一部，以及第13集团军149师)。黄克诚部在苏北与陈毅的新四军会合后，后改编为新四军第三师，黄克诚任师长兼政委，原344旅整编为第10旅，刘震任旅长，不久洪学智调任师参谋长，吴文玉(即吴法宪)任政治部主任。
抗战胜利后，新四军三师三万七千人千里进军东北，占当时出关我军三分之一。三师7旅在林彪亲自指挥下进行了著名的秀水河子战斗，开东北我军初战胜利。1946年，原新四军三师的第八、十(即344旅)两个