分源于海上，台湾和福建正卡在汉军的运输要道上，若不是清军水师实在太差，无力对台湾海峡封锁，汉军的运输必定要绕过台湾海峡才行，不但增加成本，更是大大降低效率。
目睹汉军水师的壮大，清军不会一直无动欲衷不作反应，事实上，清廷已经放开水师的限制，开始建造更大的海船，福建巡抚王懿德甚至还想到了向洋人购卖军舰的办。只是在与太平军连续作战三年，又失去江西、淅江、苏南等地后，朝廷的财政已经极为拮据，洋人军舰的报价又颇高，王懿德舍不得由地方掏钱购买，这才绝了心思。
一旦等到朝廷水师重新建起来，再来进攻因难就大多了，汉军自然不会自找苦吃。
五十二艘船只组成的水军舰队在长江上显得浩浩荡荡，只是一到大海，依然如同沧海一粟，显得无比渺小。
经过四天水上舰行，汉军水师到达澎湖，清政龘府在一百多年前已
在澎湖设了澎湖厅，驻扎了一支水师防守。只是这只水师人员不到一千人，战船虽然有数十条，与汉军水师相比数量也不见少，只是最大的战船也不过数艘千料左右的木船。齐谦没有出动海蛟一号，只是出动了两艘江级铁甲蒸汽船，饶得如此，铁甲舰一出现，也将清军水师官兵吓得目瞪口呆，数艘大船来不及逃跑，就被两艘江级蒸汽舰用大炮送入海底。
这数艘大船一沉，其余水师官兵很快投降，齐谦一审问，才发现原来这支水师官兵的长官都在几艘大船上，他们被汉军的大炮送入海底后，其余官兵群龙无首，谁也不愿送死，才如此轻易投降。
攻下澎湖后，汉军水师在澎湖休息了一晚，第二天才全军出发，直抵台湾府。
台湾府已经接到逃过来的澎湖水师官兵消息，知道汉军大举攻来，整个台湾府顿时乱成一团，所有官员都如同丧家之犬。
台湾一向兵力空虚，当初林石等人起义，不过聚了数千鸟合之众，台湾府上下还是拿这些起义军无可奈何，靠着福建派兵才平定了叛乱，如今汉军正规军杀来，那可是占了大清数省之地的凶神，台湾府又如何能够抵抗。
他们首先想到的就是向福建求援，不过澎湖的水师基本全军覆灭，只逃出数艘小船，台湾府倒还是有一些船只，只是汉军的水师就在岛外，谁又有把握闯出来报信呢，即使闯出去成报信，福建援兵出动也要有一定时间，谁又知道台湾府能不能坚守能援兵到达之时，听说这股反贼攻城迅速，一般城池连一天也挡不了。
就在知府徐宗干和一群官员束手无策之极，汉军的水师已经抵达台湾府外围，看到海上汉军庞大的水师舰队，一干台湾府官员都吓得手脚冰凉。
一直到汉军开始登陆，朝廷官员依然呆呆的望着海面上汉军的水师出神，一名军官忍不住提醒徐宗干道：“抚台大人，是否发炮？…”
“啊
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