食接济不上，被迫中途撤兵，放弃即将到手的军事胜利。枣祗在随曹操镇压黄巾军余部时，对起义农民亦战亦耕的兵农合一的做法发生了极大的兴趣，并从中受到了启发。汉献帝建安元年(196年)，曹操击败了颍川汝南的黄巾军，夺得了一大批耕牛、农具和劳动力。枣祗就建议曹操利用这些农具，在许昌一带开垦土地，实行屯田，以解决粮食问题。曹操采纳了他的建议，并任命他为屯田都尉，全权负责屯田事宜。
枣祗在许昌，首先将荒芜的无主农田收归国家所有，把招募到的大批流民，按军队的编制编成组，由国家提供土地、种子、耕牛和农具，由他们开垦耕种，获得的收成，由国家和屯田的农民按比例分成。屯田实施的第一年，就“得谷百万斛”。于是曹操就下令，郡国都置田官，招募流亡百姓屯田。后来又接受枣祗的建议，下令军队屯田，屯田制得到广泛地推行。枣祗首倡屯田制的实施，使长期遭受战争破坏的北方农业生产，在短期内得以恢复并稳定了下来。失去土地的农民又重新回到土地上来，许多荒芜的农田也被开垦，政府也积存了大量的粮食。“数年中所在积粟，仓禀皆满”，使曹操“征伐四方，无运粮之劳”。屯田制的实施，不仅为曹操解决了令人头疼的军粮问题，而且还为他争取了大量的人口，从而加快了曹操统一北方的进程。枣祗也因此被提升为陈留太守。但可惜的是，枣祗不久就因病去世。事隔多年，曹操对枣祗还念念不忘，追封枣祗为列侯，并让他的儿子袭其侯位。
由枣祗首倡实施的“屯田制”，是在东汉末年豪强地主势力急剧膨胀的历史条件下，封建国家同豪强地主争夺对无地流民的控制权，限制豪强地主无限度地夺取土地而采取的一种特殊制度。它不仅在当时起了一定的积极作用，而且为后世开创了一种大规模的寓兵于农、兵农合一的先例，为后来历代的封建统治阶级所不同程度地仿效，在中国政治、经济、军事发展史上，都占有重要的地位。
枣祗不幸早死，后来曹操怀念其功绩，追赠他为郡太守，同时下令给他的儿子处中封爵，并祭祀枣祗。曹操在《加枣祗子处中爵并祀祗令》中说，大兴屯田的结果是“丰足军用，摧灭群逆，克定天下，以隆王室”，这是枣祗的功劳，是“不朽之事”。对枣祗的功绩给以充分的肯定。
枣祗对农业生产很有研究，他深知民以食为天，主张治理地方，必须以农为本，注重农桑。他任东阿县令期间，正值东汉末期。由于董卓之乱和连年不断的军阀混战，人民流离失所，大片肥沃的上地被废弃荒芜，农业生产造成严重破坏。当时，不仅老百姓难以维持生活，就连各军阀的部队也都普遍缺乏粮晌。袁绍的军队在河北靠采摘桑椹充饥；袁术的军队在江淮靠捞水草、摸蚌蛤维持，甚至出现了人吃人的惨
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