发动的维新变法的失败和随之发生的义和团运动以及八国联军的入侵，极大地刺‘激’了中.国社会各阶层，越来越多的人开始认识到，要救中.国，必须推翻清政fǔ。也就是在这个时间段，孙山倡导的反清革命迅速地发展成为广泛的社会运动。而且，受到孙山先生思想的影响，一批公开或秘密反清的革命小团体在国内出现。湖南有黄兴组织的华兴会，江浙地区有以蔡元培为会长的光复会，湖北有科学补习所，四川有公强会，安徽有岳王会，广东有群智社等。包括兴中会在内的这些小团体，在组织形式上大都受传统秘密结社的影响，彼此缺少联系。它们发动的反清起义或斗争相继失败，其领导人纷纷逃往国外。
那时候，也是孙山先生最为困难的时期，因为他们接连受到了打击和挫折，都是一些难以预料的，十分严重的打击。然而，革命的挫折并没有使小团体的领导人沮丧，相反却给了他们反思、改组和大联合的机会。由于孙山和黄兴的联合倡导，流亡到R本的革命党人在东京成立了同盟会。会员包括十余省的革命党人。这是中.国历史上第一个全国‘性’的政党。孙山当选为总理，黄兴负责执行部。仿照西方资产阶级政党建立起来的同盟会，以‘激’进的民主主义纲领把小团体参差不齐的政治水平提到新的高度。这个纲领就是孙山提出的“驱逐鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”；后来由此进一步阐发为以民族、民权、民生为内容的三民主义。同盟会还宣布在未来的民国：“凡为国民，皆平等以有参政权。大总统由国民共举。议会以国民公举之议员构成之，制定中华民国宪法，人人共守，敢有帝制自为者，天下共击之。”这个共和国的蓝图，对长期受封建君主**压迫的中.国人民有巨大的吸引力。
他的思想一向都是朝前的，有着异于常人的判断力，所以，在同盟会成立后，孙山先生主张发行报纸等多种书刊报纸，揭‘露’以慈禧太后为首的清政fǔ祸国殃民的罪行，抨击康有为、梁启超等人宣扬的君主立宪主张，鼓动人民加入革命行列。经过与康、梁论战，反清革命思想日益深入人心。与此同时，同盟会在南方一些省区不断组织会党和新军起义。以武装起义推翻清王朝，是同盟会推进革命运动的基本战略。革命党人前仆后继，共发动十余次武装起义。这些起义虽然给清王朝一次次打击，显示出资产阶级革命派是一支不可忽视的力量，但由于起义有脱离广大群众的也就是在那时候，孙山在逃亡的过程中遇到了王一刀，是王一刀接连救了他的‘性’命，从此后，他们一主一仆，结下了深厚的情谊，但是，现在，孙山看着王一刀，似乎是不认识了一般。