事后，他和这十二个手下歃血为盟结为异性兄弟，自称“十三太保”，并竖起了“蛟字军”的大旗，他以龙王岛及附属的三十多个为据点，不断招兵买马，势力不断扩大，待日本人退出青岛后，他手下的人马已经接近一万人，长短轻重武器样样俱全，甚至还有了十几艘小火轮，成了雄霸一方的枭雄，他自封沿海司令，孙海蛟的大名也响彻了胶州湾。
其时正是北洋政府时期，由于各方军阀混战，“蛟字军”深受老百姓拥戴，又按规矩向地方政府缴纳税赋，也就无人来理会这个草头王了。韩复榘任山东省主席后，曾先后多次派人登岛与孙海蛟洽谈，许以高官厚禄，希望他能率众上岸，为政府效力，但是孙海蛟看不惯国民党官员贪污受贿鱼肉百姓的恶行，一直以才疏学浅为由加以拒绝，弄得韩复榘很是恼火，几次发狠要灭了“蛟字军”，但是考虑到孙海蛟在胶州湾一呼百应颇得民心，况且二虎相争必有一伤，只好悻悻作罢不说，还瞒着中央政府允许孙海蛟在庙口村等几个地方实行自治。
对于韩复榘的“宽宏大量”，孙海蛟并没有表示感激，反而提高了戒备，他知道手里有人有枪才是王道，才能让龙王岛附近的渔民过上几天安生日子，至于其他的，他没有考虑那么多。令他没有想到的是，十六年后，日本人会卷土重来，而且是在占领了大半个华北后卷土重来，大有吞并整个中国的意思。
自从获悉韩复榘率十万大军不战而逃，日军占领济南后，孙海蛟一边把一万多蛟字军部署在几个工事坚固的岛上，一边叫“十三太保”中的老二宋天魁带着几个兄弟潜入青岛探听风声，在得知青岛市长兼第三舰队司令沈鸿烈未作任何抵抗的准备，在下令炸毁九个日资纱厂和港口重要设备、炸沉部分舰船、将驻青岛的第三舰队的镇海、永翔、楚豫、同安、江利等五艘军舰和港务局的五艘小火轮装满沙石沉入进出港口的主要航道、割断海底电缆，已经于二十七日率海军陆战队、保安队、警察九千余人及部分官员、眷属往鲁西南一带“撤退”的消息以后，不禁义愤填膺。