中后三个紧密的集团，跟随着打头的领航机按照固定的航向和飞行速度陆续投弹，这样一来，皇宫区域就成了重灾区，大量的航弹落在了皇宫的周围。而落在皇宫内的航弹数量也不少。
裕仁天皇的座车和其他几辆皇室人员的汽车很快就被爆炸所笼罩了，很不幸的是，他们的位置正在一队飞机的投弹轨迹上，一组一组的航弹沿着这条轨迹，由南向北，轮番掉落在基本相同的落点上，这些落点附近很快就没有活物存在了，就算是躲在地下。不被炸死，也没被震死，还没有被烧死，那他也逃不掉死亡的结果，因为燃烧弹的爆炸会耗尽周围的氧气，不管你躲在那里，都需要呼吸。
皇宫很快就燃烧了起来。连围在皇宫周围的湖泊上面也都烧了起来，附近的一些街道和建筑也都在燃烧，有一些飘离了投弹点的航弹，落在了周围几公里的范围之内。10分钟后。天空中又下起了一片炸弹雨，轰炸机群在东京市北部掉了一个头，从皇宫的东北部再次光顾了皇宫上空，并在一直盘旋在皇宫上空的侦察机的指挥下，又对皇宫某些落弹并不密集的区域再次补充投弹一次。
由于有了燃烧的浓烟和爆炸掀起的大量灰尘，这次投弹的落点更乱，只有大概四分之一的航弹落到了皇宫内部，其余的都落在皇宫附近，最远的落点甚至都跑到了皇宫西南5公里之外，这一组航弹直接把一条街区都毁了，大火随即燃起。
中午12点，70架ab-1轰炸机安全返航，其中有3架因为发动机故障，不得不在中途的海域里进行了跳伞，飞行员已经附近的潜艇救起来，那3架飞机也就直接坠毁在海中了。
2个小时之后，最后几架侦察机也返回了宫崎机场，它们是在轰炸机起飞2个小时之后才起飞的，主要任务就是确认这次轰炸的效果。它们带回来的消息也印证了轰炸机飞行员们汇报，皇宫基本被夷为平地了，如果在那种情况下还能有人存活下来，那么就说明他真是神了，下次也就别去炸他了，白费油料和炸弹。
唯一有出入的是，轰炸机飞行员说只重点轰炸了皇宫所在的区域，充其量有零星的炸弹落在周围几公里的范围之内。而侦察机飞行员回来的报告却说，小半个东京市都在燃烧，黑烟飘出去几十里，而他们的这种说法，也得到了潜伏在东京湾外潜艇的认同，按照潜艇发回来的电报内容将，他们在相
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