对爪哇岛的部分占领。
最先被占领的就是爪哇岛上最大的城市，巴达维亚。这座东南亚最大的城市是由荷兰人在17世纪建立的，修建这座城市的石料不部分是从印度科罗曼德尔海岸石料场运来的，而木料则是从爪哇东部砍来的柚木，在加上在当地取材，由华人烧制了大量的砖才。经过13年的修建，才逐步完工。在当时修建巴达维亚城的劳工队伍中，就出现了华人包工队，当时的荷兰总督安东尼范迪门把城市下水、港口修建、城墙、防御要塞和部分房屋的建设都承包给了多支华人工程队，并且对华人烧制砖瓦和砌砖的工艺大卫赞赏。
这里曾经是荷兰东印度公司的总部，也是东南亚地区贸易最为发达的港口城市，不过。现在这里成了一座鬼城。随着疫情的加重，城市中的人要不染病而亡，要不逃出港口被联邦海军击沉，丧生大海。要不逃入了深山去躲避疾病和饥荒，现在的巴达维亚城，已经很久没有人的踪迹了，到处是倒塌的房屋和失火后的残迹，各种小型动物把这里当成了家园。
不光是巴达维亚城，爪哇岛沿海的所有城市基本上都是这样，这些城市中尸骨遍地、虫蛇众多，与其说叫城市，不如叫做废墟。
这次参加登陆的部队，全部装备了防化服和呼吸过滤器，并且为了应付这些杂草丛生、尸骨遍地的城市废墟，还特意装备了大量的火焰喷射器。有了这种破坏利器，不管是尸骨、杂草、残屋断檩，不用耗费过多的精力去整理，火焰喷射器一顿喷，除了石头，啥都没了，既节省体力，还安全、卫生、可靠。
在清理完毕巴达维亚、西冷、南安迪、井里汶、直葛、三宝垄、南望、图班、泗水、芝拉扎等城市港口之后，数支规模在1个连的探索部队，开着侦查坦克和越野载重车，从这些城市出发，分头向指定方向进发，他们的任务不是占领，而是保护随军的科研人员，深入到陆地内部，去收集一些数据和实地情况，以便最后得出一个结论，爪哇岛上鼠疫或者其他疫情是否已经消退，能否撤出海上封锁。
经过了2个多月的调查和取样，刘芾得到了卫生防疫部门和生化研究所的一致意见，爪哇岛上的鼠疫已经基本消失，不过由于当地的动物已经吃惯了人肉，它们的体内是否携带着病菌，还要进一步采样调查，不过海上封锁已经没必要了。
于是，持续了近3年
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