收到袁世凯病逝的消息后，虽然南海联邦和中华民国并未建交，但是刘芾还是让外交部给当时的黎元洪政府发去了一份唁电，高度赞扬了袁世凯为中国人民作出的贡献，并表示，南海联邦将为中华民国的第一位大总统去世降半旗哀悼。
在袁世凯去世之后，黎元洪这位老好人接任了中华民国大总统的职位，并且迫于南方革命党的压力，恢复了当初由孙中山在南京建立的《中华民国临时约法》这份准宪法，但是，约法刚一宣布，各省就纷纷开始打起了各自的小算盘，中国从此进入了军阀割据的状态，中央政府成了一个摆设。
不过与历史上略有不同的是，虽然日本依旧占据着辽东的部分土地，但是由于海军被摧毁，这个时代的日本帝国既没有参加协约国也没有攻占德国人的青岛，也无力再跑到中国大陆上来占啥便宜，他们自己国内一大堆麻烦事，已经应接不暇了。
1916年7月，经过了2年多的准备工作，刘芾终于打算对菲律宾群岛下手了。7月3日，菲律宾政府在经过议会批准后，正式向南海联邦提出，要求加入南海联邦，成为南海联邦的一个省。
然后，南海联邦高度赞扬了菲律宾政府的高瞻远瞩，称他们为菲律宾人民开拓出了一条通往幸福的道路，并欢迎菲律宾加入南海联邦的大家庭中。
紧接着，一个由菲律宾政府派遣的代表团离开了菲律宾，准备前往台北，和南海联邦进行具体的谈判。
说是谈判，其实等于是内务部的特工，回国汇报工作，经过了双方友好和诚恳的协商，并达成了一致，于是，3天之后，菲律宾政府和南海联邦共同发表了声明，菲律宾政府所管辖下的所有领土并入南海联邦，成为了南海联邦的第7、第8两个省，其中吕宋岛更名为南海联邦吕宋省，而在吕宋岛和棉兰老岛中间的米沙鄢诸岛和巴拉望岛则成为南海联邦的宿务省，而原来的棉兰老岛特区，则直接成为了南海联邦的第9个省，三宝颜省。
由于菲律宾本地人经过了多年的战乱，早已经厌倦了战争，不管是什么目的的战争，都没有填饱肚子诱惑力大。再加上经过几次大规模的清洗运动，那些对外族比较强硬的族群和部落早就被杀的一干二净，剩下的人民都希望赶紧恢复一个平静的生活，而且看到近在咫尺的棉兰老岛上的变化，说明南海国的生活确实不错，加入就加入吧。
从菲律宾申请到双方发表声明，中间总共就用了一周的时间，就在外界还没搞明白到底怎么回事的时候，成立了刚刚1年零3个月
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