先是宋教仁在3月份被刺杀于上海，然后在各方追查中，先是由袁世凯组建的进步会会长应桂馨被凶手指认，然后又牵扯出来内务府秘书洪述祖和内阁总理找秉承。
宋教仁被刺杀以后，以袁世凯为首的北洋集团和以孙中山为首的南方集团彻底撕破了脸皮，孙中山回到上海后，在国民党大会上公开主张以武力讨袁，而袁世凯不顾国民党的反对，私下向英法等国借款，以加强北洋军的实力。
6月份，袁世凯从北京免去了江西都督李烈钧、广东都督胡汉民、安徽都督柏文蔚的职务，并让李纯率领北洋第六师进驻江西。
7月份，李烈钧在孙中山的指示下，从上海返回江西，在湖口召集旧部，成立了讨袁军总司令部，并对外通电，宣布讨袁。随后，黄兴在江苏宣布江苏独立，安徽柏文蔚、上海陈其美、湖南谭延闿、福建许崇智和孙道仁、四川熊克武、广东陈炯明都宣布独立，而浙江朱瑞和云南蔡锷则宣布中立。
这是的民国局势好像有回到了革命刚刚开始的阶段，南方各省都宣布独立，和中央对抗。但是，这时的中央已经不是虚弱的大清朝廷，而是袁世凯这位北洋军大佬。由一群半职业和业余人士组成的讨袁军要想在以职业军人为骨干组成的北洋军队的正面交锋中取得胜利，是一件多么不容易的事情。
在随后的双方军事交锋中，先是江苏和上海的讨袁军被冯国璋的北洋第二军和张勋的武卫前军击溃，逼得黄兴出走。然后又是拥护袁世凯的桂军龙济光部攻占了广州城、李纯部攻克武昌、张勋部攻克南京，眼见北洋军势如破竹，而讨袁军节节败退，各地纷纷宣布取消独立，重归中央政府管辖，而孙中山、黄兴、陈其美等人，被民国政府通缉，被迫逃亡日本。
1913年10月，占据了绝对武力的袁世凯被国会选举为中华民国第一任正式大总统，第二天，英法等13国驻华公使对中华民国袁世凯政府予以承认，但是台湾政府却在这时变得无声无息起
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