11月13日，袁世凯率领着卫队返回北京，正式担任内阁总理大臣，并开始组建内阁。并安排冯国璋接替禁卫军总统，然后把禁卫军以准备出征的名义，调出了北京城，从而牢牢的把北京城控制在自己手里。
不过这时全国已经有18个省都发生了武装起义，其中湖北、湖南、陕西、江西、云南、江苏、贵州、浙江、安徽、广西、福建、广东、四川共十三个省宣布了独立。只有直隶、河南、甘肃、山东、山西5个省控制在袁世凯手中。
12月2日，革命军攻克南京，至此，长江以南全部被革命军控制，而且原本打算进攻武昌的清朝海军也宣布反正，舰队统帅萨镇冰称病赴上海，舰队由黄钟瑛率领，开赴武昌救援。
1912年1月1日，从欧洲赶回国内的孙中山正式在南京宣布担任中华民国临时大总统，而就在第二天，清军将领姜桂题、冯国璋、张勋、张怀芝、曹锟、王占元、陈光远、李纯、王怀庆、张作霖的十五人致电内阁，誓死反对共和，并要求清廷各勋贵大臣们把存在外国银行中的存款提回国内，充当军饷，和南方革命军开战。
而就在这时，驻扎在汉口的北洋军队，却退回了孝感，不再向南进攻。就在南北双方打算坐下来谈判的时候，一颗炸弹却差点要了袁世凯的老命，不过老袁真是命大，十多名卫队包括卫队长都被炸死，而袁世凯基本连轻伤都没受。
长江以北的北洋政府很混乱，有的人支持共和，有的人反对共和，还有人希望皇族重新掌权。而长江以南的革命政府也不消停，眼看着革命取得了成功，而且建立了新的政权，那些在革命中出过力的革命先驱和元老们，内心就开始不平静起来，以前的各种理想、抱负都化成了对权利的无限渴望。于是，这些革命元老们就开始各自打起了自己的小算盘，各种争权夺利的斗争此起彼伏，就连光复会的创建者陶成章，也被人在医院中刺杀身亡。
虽然民国政府占领这南方的十多个省，看起来比北洋政府的5个省要大，不过实际上民国政府对这些省的控制力非常弱，这些省份一分钱都不给南京
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