激奋，不过袁世凯还是“迫于”国内压力，向西班牙政府提交了彻底调查的要求，同时要求西班牙解释为何派军舰拦截飞南号。中国早已经不是以前地满清，可西班牙王国那些坐井观天的内阁们显然没有意识到这一点（对于西班牙内阁的这个特点，后面将会详细介绍）。面对中国政府的要求，傲慢的西班牙人甚至连搜救行动都没有做，只是在三天后向中国外交部提交了一份结论为“纯属意外，非常遗憾”的调查报告！看到这份所谓的调查报告。袁世凯当然表示不满，并下令南海舰队派出军舰到该海域搜索幸存者以及进行彻底调查。
西班牙内阁虽然坐井观天，可长期在马尼拉驻守的西班牙远东舰队司令唐-帕特里西奥-蒙托霍少将，却非常明白中国海军现在的实力。当他得知中国南海舰队的军舰开出军港。立刻向国内发了电报，要求通过外交手段平复中国地“怒气”，并详细阐述了中国海军的现状！可惜。蒙托霍还没有得到回复，中国军舰就在出事海域“救起”三名幸存者。这些幸存者地口述基本一致：飞南号是被西班牙军舰“桑切斯-巴尔凯斯特吉号”撞沉，而且这艘军舰施暴后还扬长而去，根本没有搜救一个落水船员！由于西班牙军舰在这个水域撞沉中的渔船、商船不是一次两次，因此这些证词得到了大多数人的认可，号事件”也从一场海难升级成国家争端！得到幸存者的证词后，袁世凯立刻下令，近卫舰队和西太平洋军区舰队、陆军立刻集结，并南下为中国商船“护航”
中国海军的举动加上蒙托霍的报告，让西班牙政府意识到问题的严重性。他们一边与中国政府会，一边搜集中国军火流入菲律宾的证据，希望把对自己不利的舆论颠倒过来。其实“飞南号事件”发生之前，西班牙远东舰队司令部收到了“有商船运送军火靠岸”的消息，所以“桑切斯-巴尔凯斯特吉号”才能够如此准确地拦截“飞南号”！不过由于西班牙人的轻视，在事件后并没有及时把情报公布，导致这种解释现在成了托辞和掩饰！而那些被炸碎的尸体西班牙人也没有打捞，现在三个中国船员的证词对他们相当不利！中西两国在外交上打了几天口水战后，袁世凯失去了耐心，下令西班牙驻华公使葛络干为“不受欢迎”地人，并扬言为了报复要击沉所有经过中国海域的西班牙商船！
就在双方争端正要升级的时候，德国驻马德里公使与西班牙当权地玛利亚皇太后会面，表示可以出面调停。这个时候古巴的独立战争正处于高潮阶段，而且加上德国一直与西班牙关系友好，这让西班牙人找到了救星。另一方面，中国现在有求于德国，因此当绅坷出面调停的时候，袁世凯给足了面子，只要求西班牙道歉并且赔偿损失。
经过一个多星期的会谈，中国外交部长唐绍仪与西班牙公使葛落干在南京签订《中西南京谅解备忘
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