行一次改良，为了减少不必要的抵触和守旧派敌对情绪，寇邵尽可能保留原来的官名，增加了几个官署，重新划分了一些官署的职能范围。
军事制度
都督府
在原先的政区划分基础上增设了军区，即都督制度。都督制度即是在原先争取划分的基础上增加一套军事管理机构，即都督府：州设都督，比州牧，有偏将军、裨将军、参军、长史、牙门将各一人；郡设校尉，比太守，有军司马一人；县设都尉，比县令。都督不得干预地方政务，而州牧也无权『插』手地方上军务，只掌握一定数量的郡国兵来维持日常的地方治安。从而使得军政分开，使地方割据的能力减弱。
太尉府
中央的太尉府不再有统领全军的职能，而被弱化为只掌管军队新兵的征募、训练、兵器的打造与储藏、军队调动换防和军事后勤保障的部门。太尉府设太尉一人，长史一人（太尉的副手），曹掾史二十四人。太尉府与都督府实际上是互相掣肘的，都督府虽然掌握地方军权，但是一切粮饷和物资供应全部由太尉府提供。而且，每个州所拥有的驻军数量是有配额的，太尉府按照配额发放物资粮饷，如果地方都督想私自招募军队的话，就需要自己想办法为这些兵士解决粮饷和兵器问题。
如果遇到重大战事，则由各地都督府派员入京和太尉府一同组成最高军事机构－将军府。将军府设大将军一人，次骠骑将军，次车骑将军，次卫将军。又有前、后、左、右将军。由这些将军总领军务。
除了这些指挥官外，设有野战军十六将军，由各州都督兼任：征东将军、征西将军、征南将军、征北将军；镇东将军、镇西将军、镇南将军、镇北将军；安东将军、安西将军、安南将军、安北将军；平东将军、平西将军、平南将军、平北将军。征、镇、安、平将军之下设有野战军杂号将军若干。
将军之下设有野战军十六中郎将：征、镇、安、平东中郎将、西中郎将、南中郎将、北中郎将，十六中郎将之下设有野战军杂号中郎将若干。
以上是野战军中的高级军官。将军佩金印，带四根孔雀翎的盔缨，盔甲前胸有四个花结；中郎将佩银印，戴三根孔雀翎的盔缨，胸前有两个花结。将军和中郎将可以指挥军团建制的部队。
中郎将一下设校尉，校尉佩铜印，戴两根孔雀翎的盔缨，无花结。校尉可以指挥“部”建制的军队。校尉为军中中级指挥官。校尉之下有曲候，曲候之下有百夫长、百夫长之下有十夫长，十夫长以上为军官。上一级军官可以从下一级单位里挑选出一个资格最老、经验最丰富、立功最多的下级军官作为首席。例如校尉可以从下属的是个曲候中挑选一人作为首席曲候，这一曲人马就作为该部的主力，首席曲候在平日辅助校尉处理日常军务，并且可以在前任校尉战死，新任校尉还没上任之前暂代校尉之职。如果要在该部内选一人接任校尉的话，首席曲候就作为第一候选人。
各个不同的兵种分别配有不同图案的旗帜，步兵用虎头图案，弓弩手用鹰头图案，轻骑兵用马头、重骑兵用
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