经过长达一个月的御前争论，日本上下已经决心不惜对美英荷一战。不过，关于战争的准备却早在半年前就已经开始了，投入南方作战的兵力、物资和军需品等，已陆续向法属印度支那、海南岛、华南、台湾、奄美大岛、帛琉、小笠原等地输送。
根据6月20日御前会议决心对美英荷开战的决定，于24日发布了南方作战部队的战斗序列令。
其战斗序列为：南方军总司令官寺内寿一大将，参谋长冢田攻中将，副总参谋长青木重诚少将，下辖：南方军总司令部、第14军（第16师团、第48师团、第65旅团）、第15军（第33师团、第55师团）、第16军（第2师团、第38师团、第56混成步兵团）、第25军（近卫师团、第5师团、第18师团、第56师团）
另外，南方军司令部还直属有第27师团、第21独立混成旅团、南海支队、第4独立混成联队、第3飞行集团、第5飞行集团、第21独立飞行队等。
作为南方作战部队，除此之外，还有隶属于中国派遣军的第23军司令官指挥的第38师团的基干部队，被指定为香港作战部队，还有隶属于参谋总长的船舶输送司令官指挥的大量的船舶部队，其中所需部队分别配备于南方军和南海支队等。
6月27日，又重新将西部军所属的第56师团调属于第25军，使该军成为以4个师团为骨干的部队。第16军为对荷属东印度方面的作战部队，随着对香港和菲律宾作战编制，准备把第38师团及第48师团从第23军和第14军抽出，调属于该军。
6月28日，日军大本营陆军部在下达上述战斗序列令的同时，向南方军下达了大陆命第556号作战准备命令。
该命令共有六条：一、大本营准备攻占南方重要地区。二、南方军总司令官应与海军协同，将主力集结于印度支那、华南、台湾、西南诸岛和南洋群岛等方面，准备攻占南方重要地区。有关进攻作战事宜另行命令。三、南方军总司令官应接替第25军司令官目前担任的加强对华封锁的任务。四、南方军总司令官。如受到美、英、荷军或其中一国军队的攻击，为了自卫，可以所在部队进行反击。在发生上述情况时，应尽量在局部地区加以解决。五、中国派遣军总司令官、防卫总司令官及台湾军司令官应支援第二项的作战准备工作。六、有关细节由参谋总长指示。
接着6月29日，日军大本营陆军部对南方军下达了有关攻占南方重要地区的命令――大陆命第564号命令。
根据该命令。日军大本营为完成大日本帝国的“自存自卫”及建设大东亚新秩序。准备攻占南方重要地区。南方军总司令官应协同海军，迅速攻占南方重要地区。应占领的范围为菲律宾、英属马来、荷属东印度的各重要地区和缅甸的一部地区等。
在实行作
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