天国这样委任一方将领提督军政大事是有一定好处的，满足了战争期间调动人力物力的需求，但这样长此下去，对建设地方是没有好处的。因此从镇江、金坛、无锡等地攻下后开始，萧云贵便任命一名将领管军队，一名官员管政事。眼下无锡守将是谭绍光，无锡守土官是王闿运，李寿蓉在王闿运手下负责钱粮之事。上海攻下后，此处甚为要紧，萧云贵便打算在上海成立太平天国上海军政司，由稳重的林启荣和精干的王闿运两人共同镇守、治理上海。
林启荣到来之后，萧云贵带着他在营中巡视，边走边和他说了很多话，萧云贵交待林启荣镇守上海期间要注重几个方面的问题。
一是兵卒要操练新式洋枪洋炮，尽可能的演练精熟，掌握纯火器作战的方法。当然为了保证上海兵卒的火器，萧云贵答应采购到的火器优先配给林启荣部。
二是萧云贵将在上海创办西殿太平军官讲武学堂，萧云贵将聘请中外名师、名士做为讲师，向西殿太平军各级军官讲授军事。萧云贵要求林启荣在上海讲武学堂开办之后，除了让太平军自己的军官学习之外，还要多多吸纳有志青年入学，萧云贵希望这个讲武学堂成为西殿太平军自己的黄埔军校。
三是让林启荣大力建设水师，上海靠近长江和大海，必须有自己的水师来保卫海域、河道，同时海关成立后，也需要强大的水师打击海上走私和海盗活动，因此创建西殿太平上海舰队的事便落到林启荣身上。当然萧云贵建议林启荣重用陆顺德、赵顺平等水师将领，并且尽可能的同洋人采购新式战船。
四是地方帮派势力的控制，萧云贵听从钱江的计策，已经封赏沐关刀、谢应龙等上海反水的帮派首脑，几个人被封为将军、总制不等的官职，调到苏州为官，萧云贵也给左宗棠去了信函，要他盯紧这几个人，同时安排一些无关紧要的事让他们做。几个帮会的部众则被萧云贵以整军为名，彻底打散后，一部分充入陈玉成部，一部分交给林启荣部，还有一部分有些特长的帮众直接交给了白泽堂去训练，将来可以充作白泽堂的密探或是杀手。交给林启荣的这部帮众，萧云贵就要林启荣用好这些人，以这些人熟悉上海的特点并派出林启荣手下得力大将统帅，重新扶植起太平天国自己在上海滩的黑势力。很多太平军不方便出面解决的事情，交给这些帮会处理是最好的。
五是要林启荣协助王闿运在上海办起太平军自己的军火工业，法国阿鲁内洋行就是专门做军火生意的洋行，1848年5月，法国商人阿鲁内向英国领事馆租得英契第四十一号土地，开办阿鲁内洋行，又称公生号，从事军火贸易。其时，法租界尚未辟设，阿鲁内成为第一个在上海租地的法国人，阿鲁内洋行则成为沪上首家法国洋行，但这家洋行由于来上海三年经营不善已经频临破产。萧云贵之前找阿鲁内买过一批军火，算是挽救了阿鲁内一下。
因此阿鲁内对萧云贵十分感激，在交易过程之中，萧云贵已经和阿鲁内商议好，等太平军攻下上
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