派被称为大秦景教流入中国，但当时虽政府允许传教。也只是把它当作与其他少数民族和西域国家流传的信仰和文化一样的宗教流派而已，没有认真考虑过它的中国汉化问题。当时的很多天主教思想是很隐晦地附和于道教和佛教中，由于翻译的问题，很多名词也都是借用现成的佛教和道教词语，这也是限制了大秦景教在中国流传的原因。（见：《大秦景教流行中国碑》），因此安史之乱后很快基督教就在中国消失。
但景教在蒙古族古老部族克烈部、汪古部、乃蛮部已经拥有较多信徒。成吉思汗统一蒙古后，景教遂在整个蒙古流传开来。一时间十字寺林立，僧众成群，特别是汪古部，形成了好几个基督教世家。后来，随着蒙古人取得中原政权，景教再次进入我国内地。在中原地区，景教的势力不断扩展，传教机构遍及南北。形成了四大主教区。
蒙古军队西征，引起罗马教庭的恐慌，为了抵御蒙古的入侵，从教皇英诺森四世开始，便向蒙古派出了以方济各会修士为主的特使前往东方。后来方济各会修士卢布鲁克来到上都，受到元宪宗蒙哥的接见，并奉命为皇家祈天祝奉。但他要留在中国传教的请求遭到拒绝。
1294年传教士约翰?孟特戈维诺达到大都（今天的北京），正式开始了罗马天主教在中国的传教活动，同年，他说服了原本信奉景教的汪古部唐王阔里吉思改信天主教。政府对他的传教活动也表示承认。此后，孟特戈维诺在大都建立了3座教堂，并成功地为6000人施洗。1307年，他被教皇克莱蒙五世任命为天主教汗八里总主教区大主教，统理远东教务，直到1308年去世。在元朝政府的支持下，天主教的传教活动扩展到杭州、泉州等地，并在当地建立了教堂和修道院。
而在大明太祖朱元璋起义，最终推倒了暴元，随着元朝统治在中原的衰落，基督教也退出了历史舞台。1362年汉军攻入泉州，最后一任天主教主教、佛罗伦萨人詹姆斯被杀，1369年元顺帝北遁出逃漠北，基督教徒被逐出大都，基督教遂一度在中原销声匿迹。
朱元璋借助的本身就是明教，而明教又称为摩尼教，是波斯人摩尼所创立。摩尼教是一个很复杂的宗教，它杂糅了祆教、基督教、佛教。朱元璋上位之后，对明教都采取了清剿。
更是彻底禁止基督教在大明帝国境内传教,禁止三夷教在大明传教。之后的基督教在整个大明帝国初期中期完全没有了立足之地,传教士基本绝迹。
直到，1583年9月传教士利玛窦与传教士罗明坚进入大明帝国，在广东肇庆建立了第一个传教驻地，利玛窦出版了第一份中文世界地图，并用中文和传教士罗明坚起草了第一部《祖传天主十诫》。经过了几次尝试，利玛窦和罗明坚没能建立起新的驻地。罗明坚被教皇召回罗马安排
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