贼。安抚良民，本应论功行赏，加官进爵；难道就因如此微不足道的小事情，就定他死罪吗？陛下如此不公平地给予他处罚，恐怕有负众望，百官有所不服吧。”
灵帝刘宏看完奏章后，便赦免了王允的死罪，但仍下狱重新定罪。这年冬天，又逢朝廷大赦。由于张让始终从中作梗，王允仍不在赦免之列。何进、袁隗、杨赐等三公要员继续上书皇上，要求赦免王允。等到第二年，王允才被免罪释放。当时，朝中宦官当权，张让阉党凭借权势横行霸道，为所欲为。刚刚出狱的王允虽对张让等人的行径深恶痛绝，但因力量有限，只得改名换姓，离开都城洛阳，辗转于河内、陈留之间。
不久灵帝驾崩，王允急忙赶赴洛阳吊丧。此时，朝廷局势极度混乱，以何进为首的外戚势力大增，阉党张让失去了对中央政权的控制权，面临覆灭的危险。大将军何进利用各地方官吏奔丧的机会，大肆结交和拉拢亲己势力，以谋张让。王允一到洛阳，就被何进紧急召见，并说明意图。
王允很感激何进对他的救命之恩，便满口答应，并担任从事从郎一职。后来情况发生急变，张让集结党羽，用何太后召见何进的名义把何进骗入宫中，趁机伏杀。王允不得不迁任河南尹，暂时逃避张让的嚣张气焰。张让伏杀何进后，曾奉密召的董卓、袁术等人立即领兵进京，讨杀张让。张让、段挂等人挟持少帝刘辩和陈留王刘协半夜出逃。当时，朝中公卿大夫被急变的局势吓得不知所措，他们都不敢护卫少帝。王允立即派遣一部分士兵跟随尚书卢植一起保护少帝，事后，又奉迎少帝回宫。
公元189年（永汉元年），董卓废掉少帝，献帝刘协继位，王允被拜为太仆，不久迁任尚书令。公元190年（初平元年），王允替代杨彪担任司徒职务，同时兼任尚书令。而杨彪则转任太尉一职。作为位列三公的司徒，王允的权力应该是很大的，但自从董卓入主以来他这司徒之职实际上是被架空了，丞相之职完全归于董卓，虽然如此王允的在朝中的影响力仍然很大，当即他出面既得到了一大批朝中大臣的拥护。
董卓这次加冕受到了朝中很多大臣的反对，而且这些大臣皆是位高权重的重量级人物，董卓虽然把控军政大权，擅行杀伐大权，不过这么多大臣一致出来反对，董卓就不能妄动了，毕竟人太多了，总不能把满朝的大臣全都杀光吧？何况这些大臣在朝中还是有些相当的影响力的。
李儒给董卓打了个圆场让他很风光的下了台，这不仅是圆场更是李儒将众大臣的一军，怎么讲呢？李儒见朝中反对的声音太多遂转向天子那边也就是利用献帝对众大臣施压，众大臣多是忠臣，对天子的决定百依百顺，所以只要献帝下了诏谕，即使是不对的，他们也不好反驳，所以只要利用这一点就能逼众大臣就范，李儒正是摸透了这一点遂在朝堂之上说了
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