务会议中也引起了极大的麻烦在第一次阁议中内务总长孙洪伊就和徐树铮吵了起來照法理讲国务院秘书长只能列席内阁会议并无发言权那次阁议中讨论到广东李烈钧和龙济光的纠纷徐主张电令闽、粤、湘、赣四省会剿李烈钧孙主张去电和解其他阁员皆赞成孙的主张不过为了段的面子沒有制止小徐发言小徐竟于阁议后将会剿李烈钧的电报拍发待四省复电国务院阁员们才知其事孙洪伊遂在阁议席上指责小徐小徐也反唇相讥两人几乎拍桌吵闹而段却有左袒小徐的意思
总统和国务院职权划分后国务院大权几全集中于徐树铮之手不止孙洪伊不满其他阁员也不满意不久发生了任命郭宗熙为吉林省长和查办福建省长胡瑞森案遂使内阁的火药气氛接近爆炸这两案都是徐树铮擅行决定得段同意办理既未经阁议审查又沒有主管内务总长副署徐即以国务院名义径行咨复国会孙洪伊认为小徐眼中完全沒有内务总长段也不尊重自己乃当面质问段：凡与各省民政长及有关的问題内务总长是否无权过问院秘书长是否有权擅自处理
段祺瑞无言回答只说了一句：“又铮荒唐”吩咐把胡瑞森一案的咨文追回可是国会已经印发了出去无法追回孙乃于八月三十日愤而辞职
事情闹到后來无法收拾于是有着水晶狐狸之称的徐世昌出面來调停徐世昌到府提出府院威信双方兼顾的办法就是孙洪伊、徐树铮两人同时免职并且推荐张国淦继任院秘书长他认为张国淦以前做过府秘书长又做过段内阁的阁员这样一个与双方都有良好关系的人继任秘书长一定能够融洽府院感情
最后黎元洪接受了徐世昌的建议孙洪伊、徐树铮两人同时免职一般人都认为府院之争以黎元洪的服软而告终哪知道一波未平一波又起在要不要参加第一次世界大战对德国宣战这个问題上双方斗争更趋激烈
第一次世界大战中德国潜艇无限制进攻引起了美国的极大反感乃于民国6年2月3日正式宣布对德绝交中国驻美公使顾维钧把美国总统威尔逊的决定电告北京这时北京的各国驻华使节都积极活动争取中国在此以前中国是坚持中立的2月4日美国照会中立各国政府欢迎各中立国和美国采取一致的行动美国驻华公使芮恩施竭力劝告中国政府响应美国的号召以加强中美合作关系外交总长伍廷芳主张走美国路线以争取美国在经济上和政治上援助中国抵制日本侵略并在战后国际和平会议上有发言权这些利害关系很能打动黎元洪可是段祺瑞一向是亲德的他平素吃西药非德国药不吃同时深信德国陆军无敌于天下最后胜利必属于德国不过段这时正和日本亲近日本已和德国宣战因此段很想听听日本方面的意向