俗话说不怕不识货，就怕货比货。在看过党卫军的严密组织和严明纪律之后，回到青岛的蒋志清再看所谓“中华革命党东北军”的时候，就怎么看都不是滋味。
虽然顶着东北军的名号，但是这支“东北军”并不是在东三省活动。居正在青岛设立了中华革命军东北军总司令部后，迅速招兵买马，来者不拒。结果胶东各县的民团和一些来自辽东绿林武装纷纷投靠其麾下，另外还有部分警察、退伍士兵、反正的北洋军和自愿参加反袁运动的热血青年。在这些人中，青年学生是抱着满腔的爱国热忱参加护国讨袁运动的，他们的政治热情和思想觉悟都比较高，虽然军事技术较差，但纪律严明，自觉性高，至于其他成分就很难说了。
那些东北的“红胡子”，虽然归顺了革命，可恶习不改，“五大团”则自由行动，到处抢劫，军纪荡然，百姓怨声载道。至于警察、退伍士兵和反正的旧军自不待说，旧中国向来兵、匪一家。
即便是民团，也不单纯，里面即混有不少日本特务。因为自第一次世界大战爆发后，日本即把东北视为其势力范围，在山东派遣了不少特务间谍，其中有些就钻进了中华革命军，以中华革命军东北军作掩护，从事间谍活动，“经常将东北军的编制、军事部署和行动计划等向日本的间谍大田报告，等等。”反正的旧军，也潜逃成风。
作为军事科班出身的蒋志清立刻发现了革命军的问题所在，首先是总司令部机构不健全。总司令部没有侦察员，参谋处没有侦察科，而侦察科则是部队的眼睛，不侦察敌情就不能知彼知己；整个东北军也没有军医。
其次是规章制度不健全。总司令部各处没有编制表，也没有各师、团的花名册，整个部队有多少确切人数都不知道。总司令部也没有总值日员，各处、师、团也没有值日员，人员进出随随便便。军械科、经理局没有自己的会计制度，各师、团的现有武器也没有报表等等。
再有部队军纪很差。第一师某部发生“在南流附近各村庄抢劫焚掠等事”。随后他又发现官兵们经常身着军装进入民居店铺座谈，一些军官经常体罚士兵，任意罚跪，各处站岗的哨兵口号不明，士兵扛枪时扛枪的姿势也不统一。
为了加强中华革命党对“东北军”的控制和领导，已经升为参谋长的蒋志清开始着手整顿东北军。
他首先建议总司令部“添侦探员数名”，参谋处设“谍报一科”。整个东北军也没有军医，他又建议总司令部设军医科，各师、团队亦应设军医，战时救死扶伤，平时整顿卫生；
他又建议建立和健全各种规章制度，建议总司令部应设总值日员一名，“由参谋与副官各处长轮流担任”，各师、处也要设值日员，以与总司令部联系汇报。各处应建立编制表，各师、团应向总司令部递交所属部队的花名册。军械科、经理局应建立健全的会计制度，军械科的各种
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