关东都督府是在俄国的一所豪华宾馆的旧址上兴建的，占地五亩有余。在编制上隶属日本外务省，从表面上看这是一个政府监督下的行政机构而非军事机构。实际上，都督除执掌租借地和满铁附属地的行政权外，还享有军事指挥权，都督集陆军、民政两部大权于一身，实行所谓军政合一的体制。不仅如此，随着时间推移，都督权力不断膨胀。一九一一年日本陆军大臣训令关东都督“南满洲我国侨民需要保护或发生我国权益遇到分割而必须加以保护等情况时，关东都督都可使用兵力。”
看起来，关东都督的权力无比巨大，整个南满地区任何事情都可以插手，但是实际上他就无法控制南满洲常驻师团。因为在日本的军队法中，师团长的任免要由天皇亲自下诏，连军部都无权动他们。
到九一八事变前，关东军规模大体保持一个正规师团和6个铁道守备大队（每个大队900人），共约2万人，分别部署于旅顺、海城、辽阳、沈阳、公主岭、长春等地。其正规师团通常每两年轮换一次，从1907年到1919年有以下师团轮流担任关东军主力。
第10师团1907年10月-1909年9月
第11师团1909年9月-1911年4月
第5师团1911年4月-1913年5月
第2师团1913年5月-1915年5月
第17师团1915年5月-1917年5月
第7师团1917年5月-1919年5月
第16师团1919年5月至今
第16师团是大日本帝国陆军的一个甲种师团，是日军在二战爆发前17个常备师团之一，装备较精良，战斗力较强。在原来的历史上，该师团是参加了南京大屠杀暴行主要日军部队之一。第16师团在南京中山门一带大肆烧杀淫掠，多次纵兵冲进“国际安全区”，袭击难民营。其师团长中岛今朝吾的作战日记也在日后于远东国际军事法庭上作为书面证据，以之佐证松井石根的罪行。
旅顺日本关东都督府里，日本对华情报机关首脑、日本对华情报工作的初代大头目青木宣纯一手创办的青木机关的间谍把一份印着绝密字样的文件送到了关东厅长官林权助和关东军司令立花小一郎的面前。
林权助会津藩出身，祖父是会津藩大炮队长，父亲战死在伏见、鸟羽，他自幼和寡母在一起生活。后来得到萨摩藩主张公武合体的陆军少佐儿玉实文的资助，1887年东京帝国大学毕业。后入外务省。曾任中国烟台领事馆随习领事。1898年任使馆参赞，一度代理馆务。光绪变法期间，以日本为师，他是两国政府间最重要的联络人，1898年9月北京戊戌政变发生后，曾大力救助光绪帝和维新派人士。1919年出任关东厅长官，在中国东北旅大地区推行殖民统治，掠夺沦陷区人民，适应日本侵略战争政策。
司令立花小一郎，福冈县人，三池藩家老立花硕长子。1881年2月入陆士旧6期，1883年授予陆军少尉军衔。1889年毕业于陆军大学第5期。历任陆士教官，参谋本部第一局员，甲午中日战争任第1军参谋。赴奥匈帝国留学，清国驻屯军参谋，参谋本部附，还当过袁世凯的军事顾问、之后出任陆军省人事局恩赏课长，补任课长，日俄战争任第4军参谋副长，大本营参谋。朴茨茅斯讲和会议全权随员，美国大使馆附武官，陆军省高级副官。
1909年晋升陆军少将，步兵第22旅团
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