中，江南省禾城市的情况较为严重，其饮用水源地水质全部劣于4类水体。
其实自80年代初以来，我国已开发几十种技术与方法，但都未能阻止蓝藻的暴发。京城大学生命科学学院副院长赵金东曾说：“蓝藻暴发只是表面现象，并不是蓝藻把太湖弄脏了，实际上是人把太湖弄脏了。”
他认为，蓝藻水华来源于水体污染，是大量的不加控制的工业污水和生活污水的排放，导致了水体严重污染。由于污水中含有大量的氮、磷、硫等营养元素，它们与水中的微生物相互作用，如果水体不流动，再加上适宜的温度，就会造成蓝藻暴发。
华夏科学院首席研究员、植物研究所博士生导师江高明表示，蓝藻是远比人类等高等动物出现得早得多的物种，迄今为至，蓝藻已经在地球上生存了33亿多年。目前已知的蓝藻1500多种，分布十分广泛，遍及世界各地，但主要为淡水产。除少数蓝藻能够生活在60~85c的温泉中外，大部分蓝藻生存的温度在30~40c之间。当水体达到了富营养化水平时就具备了发生水华的基本条件。
对此，华夏科学院水生生物研究所、淡水生态与生物技术国家重点实验室研究员宋立荣也发文论述，认为蓝藻水华的频繁发生，是水体富营养化不断加剧和水生态环境不断恶化的结果，其巨大的生物量又会造成水体的二次污染。蓝藻会造成水体缺氧，引起水生动物窒息死亡，还会影响自来水厂的生产和自来水的质量，破坏水体景观。值得注意的是，蓝藻所带来的危害远不止于此。蓝藻还会不断产生和分泌次生代谢产物，如毒素、异味化合物等。毒素可引起水生和一些陆生动物中毒，并可能危害到人类的健康；异味化和合物可严重影响饮用水以及水产品的品质，造成严重的经济损失。
国外上世纪50年代末、60年代初就开展了对水体异味的研究，几十年来，面对污水引发的蓝藻，人们一直在努力探索科学有效的治理方法。从80年代初期我国开始蓝藻水华研究至今，这个领域内的科研专家已经开发和提出许多项技术成果，具体有机械去除蓝藻技术、电磁波处理技术、化肥控失技术、水体氮磷藻移出技术、黏土除藻技术、化学固磷方法、生物酶分解技术等几十种技术与方法。但是，不管是化学杀藻、生物抑藻，还是生态治藻，也不管技术有多先进，效果有多好，还是未能阻止蓝藻的频繁暴发，技术并没有发挥出让人信服的巨大威力。
面对蓝藻，人们想到的治理措施更多的是技术上的。
最原始的方法就是太湖流域的农民所采用的方法，把蓝藻打捞出来，用来沤肥，哪里土地贫瘠，就把它上到哪里。有农业专家认为，蓝藻可以直接固定大气中的氮，而氮可以提高土壤肥力，使作物增产。特别是蓝藻内含氮量高达10％左右，含磷量也近1％。1立方米蓝藻可生产4公斤氮，相当于8公斤『尿』素，尤其是打捞蓝藻能有效地减少湖水中的氮和磷的含量，其社会效益和环境效益十分显著，吴城以前也一直是以这种办法对抗蓝藻的。但是由于无法突破打捞困难的瓶颈，这种方法难以应对大规模的蓝藻暴发。
回到吴城坐镇指挥的萧宸从环保局的专家那里了解到，在1998年，华科院生态环境研究中心在黏土除藻方面取得了一项专利，黏土除藻技术的研究被列入了国家“十五”重大科技专项、国家自然科学基金和华夏科学院重要方向以及“百人计划”等项目，受到广泛关注。
但是水利局的有关专家却认为，除了以往多次实地除藻失败的记录以外，黏土技术本身不能防止藻类的再次泛起和底泥二次污染，导致这种技术在淡水湖泊中难以被广泛使用。并且，黏土改『性』技术将藻华转入水底后，由于腐烂或泛起而释放出的氮、磷等，还会重新返回到水体。当大量的黏土投入下去，将藻华带入水底，在海洋中这种泛起的现象不明显，但到了淡水湖泊中，在风的助力下，很容易泛起。泛起问题不解决，就只能治标不能治本了。萧宸本身对此了解不深，一时也无法对此作出决断，而且这个技术也不是用来应急的，只好被他先放在一边。
事实上，近几年来，研究人员沿着技术主义的路线继续前行，进一步发展了黏土改『性』技术，研制出化学“固磷”的方法，并且开发了以生物防止法、生物浮床法、微生物菌除藻法、高强磁灭藻法、工程疏浚法等为代表的多种技术与方法。但是，在萧宸一个电话打到华科院咨询的时候，华夏科学院生态环境研究中心的专家告诉他，上述治理方法都是在末端上治理，是治标不治本的“下策”。就像川南滇池污染治理，花费巨资却没有取得明显的效果，就说明了人工治理措施都是非常局限的。
萧宸只好又想别的办法。
用机械挖掘底泥的方法从理论上是可以根治湖泊蓝藻污染，但这种方法是要将全湖淤泥全部挖走。显然这种方法是不能在太湖和滇池这样的大型湖泊实施，其所要花费的巨额资金是任何『政府』部门都难以承受的。此前，潇北东湖中的一个水果湖，面积只有0.14平方公里，挖走全部淤泥就花费了2000万元。由此可见，这种方法并不现实，即便吴城有钱，也经不住这么玩，太湖可比那小湖大上万倍了。
于是萧宸紧急召集全市相关专家连夜开会商议，结果有倒是还有一些应急的做法，如引长江水冲洗太湖或巢湖，将污染一冲了之，可以得到暂时的缓解，但那仅是将污染转移到近海而已，由蓝藻变成褐藻，由水华变成赤『潮』，最终污染没有治理，反而愈演愈烈。
萧宸也知道，根本的解决办法是源头控制，如果污染源得不到控制，技术无法从根本上解决问题。必须切断工业、生活污水、农田氮、磷等污染源，使水体流动起来，但问题是，知道不等于能办到。
第二天赶到吴城的一批京城相关领导和专家里面，有国家环保总局科技司司长曹英民，他很坦诚地告诉萧宸说：“要想从根本上解决蓝藻水华问题，仅靠技术是解决不了问题的。”他说，技术只是治理的一个方面，预防是一个更重要的方面。根治蓝藻不是单纯的技术问题，这里有产业结构的问题，也有环境管理上的问题。如果污染源能够得到控制，那么技术还是有效的，但如果污染源得不到控制，则技术就无法从根本上解决问题。
萧宸默然不语，控制污染源，说来倒是容易，动动嘴皮子而已，但真要做起来呢？他萧宸倒是有胆子一下子砍掉吴城几百家污染不达标的企业，可太湖并不只是吴城所有，邻近的梁溪、延陵不说，好歹还是江东的，可再往南去，却是到了江南省了，这事情可怎么好办？其实太湖始终治理不好，本来就有各省各市互相推诿扯皮的原因在里面，就说吴城和梁溪在蓝藻上就经常争执，梁溪说他们的蓝藻是吹东南风的时候从吴城吹到他们那里出的，而吴城则列举事实，证明每次都是梁溪出了事吴城才跟着倒霉，所以是梁溪治理不力，不关我吴城的事……于是公说公有理婆说婆有理，两边谁也说服不了谁，省委省『政府』那边只好各打五十大板，责令双方“齐抓共管，共同督导”，结果问题依旧。
曹英民司长却没考虑萧宸的难处，他是个技术型的领导，只是按着自己的话头说下去，告诉萧宸，科学的治理措施是：下大决心，采取强有力措施，切断工业、生活污水、农田氮、磷等污染源，使水体流动起来。待污染源中断后，尊重自然的选择，实行生态自我修复，仅辅以必要的人工治理措施即可。湖泊富营养化的治理绝不能靠单一技术，要靠包括技术、法规和管理各个层面的综合措施。
面对依旧沉默不语的萧宸，他却颇为兴奋，可能是认为萧宸正在仔细思考自己的话，也可能是因为自己的能力终于有可以用到的一天了，所以继续侃侃而谈，他强调说：只有控制工业污水和生活污水的排放，并对污水进行有效处理，去除水体中和湖底淤泥中生成蓝藻的基本营养源，恢复水体生物的食物链与湖水的生态修复功能，让湖水自净，才能让技术发挥效用，从而根治蓝藻。这需要市政工程投资建设污水处理厂和排污管道，以便将污水全部通过污水管道流到污水处理厂进行处理。另一方面，必须要求有关企业投资建设污水处理设施，要求排放的废水必须达标。甚至对于一些生产技术落后、污染严重和资源浪费严重的企业要坚决予以关闭。
事实上，实现这一目标显然并不是一件容易的事情。
曹英民说完，旁边一位华夏环保产业协会的负责人紧跟着向萧宸介绍说，日本早在1979年就实施湖泊富营养化防止条例，内容已包括工业企业排放管理、含磷洗涤剂禁用、氮磷排放控制等，并明确了县、市、町、村，企业家，居民的责任。同时，制定了十分全面的营养盐控制策略，推行城市污水厂的深度处理改造；针对排放量较小的点源如小村镇、别墅区等，普及合并式净化槽和土壤渗滤系统等分散型污水处理设施；针对面源污染，一方面改进农作技术，如引入侧沟施肥机改善施肥方法，根据土壤『性』质适度施肥等，另一方面则针对入湖入库河道，开展直接净化。
在丹麦，『政府』强制城市污水厂实施除磷脱氮技术，规定服务量超过5000人口的污水厂必须有除磷工艺，服务量超过1.5万人口的必须有脱氮工艺。
澳大利亚在河流湖泊富营养化治理过程中则采用了整体流域管理模式，其决策不以某个州，而是以整个流域的总体利益为基础。
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