李由在前线战死，李斯在朝廷也好不到哪里去。落入赵高手中后，身陷囹圄，他还没有醒悟过来，仍然想着如何向秦二世解释，为自己洗白。
李由战死疆场，本来是一次自证清白的好机会。但赵高哪里会放过李斯，他严厉追究李斯及其长子李由的谋反罪状，把李斯的亲属、奴仆、门客全部抓起来，严刑拷打。
几乎没有人经得起折磨的，很容易便屈打成招了。
李斯还天真地希望通过上书，恳求二世赦免自己。于是他在狱中写了一篇奏章，历数自己担任秦国重要职务三十多年来劳苦功高，希望二世看在李斯功勋卓绝的份上，绕过自己。
奏章交给狱官后，被赵高压下。然后赵高指使自己的亲信冒充御史、谒者、侍中等官员，轮番前往狱中审讯李斯。
李斯每辩解一次便遭受一次严刑拷打。直到李斯再也不敢为自己辩解开脱为止。只要有人审讯，不管是谁，官职有多高，李斯都老老实实承认自己的“罪行”。
后来二世单独派人复查李斯一案，李斯怕受皮肉之苦，便只好承认了。
二世听了审讯结果的汇报，他心有余悸地对赵高说：“老师说对了，丞相
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