后，太子有了孩子，特别是朱由学，她更是喜欢。每一次，朱由学去见她，朱由学人还未进房间，她听着脚步声便听出是朱由学来了。
她对皇帝专宠郑贵妃，也不予计较。安心平和维持后宫整体和谐稳定的局面。
朱由学兄弟由太子带领，疾步走向坤宁宫去。
到那一看，人就是多啊，皇帝来了不算，连那一贯趾高气扬的郑贵妃都垂首在立在一旁。
他们父子一一给他们行礼，然偶来到病榻前，看望皇后。
皇后一脸憔悴的病态，此时的他脸色还没有王才人去世前好看，也是，王才人是被下毒害的，王皇后是身体不好，常年药罐子给磨的。
朱由学看见王皇后的仪容，就想起自己的母亲遗容。心头的苦楚，无奈的看着亲人的生命在自己眼前消亡，泪水止不住的往下流。
他这一哭，看的其他人都感同身至，也一个个拿着手帕，啼嘤着。
是日，傍晚时分。大明万历孝靖皇后，在坤宁宫逝世。是时，宫里的大钟敲起，向天下报丧，宫门也关闭，宫里各司监众人都紧忙着处理丧事。
朱由学兄弟陪着自己的父王，在坤宁宫给王皇后守灵。
皇帝回到乾清宫弘德殿，因伤心过度加之身体一直不佳，一下子再度病倒。
皇后的去世，还未动及国本，这皇帝的再次病倒那可大可小，这太医院了的人全部出动，昼夜左右在皇帝身边，内阁班臣也轮流在东阁守夜。太子一家，除了朱由学呆在皇帝那，其他人，皇帝都叫他们回去，不让他们呆在这。
虽说皇帝病了，但脑子还是灵活的。他知道太子的心思，所以让太子回去无须多心。
朱由学倚在皇帝的龙床边，倚着倚着就睡着了。他近来是累了，人累心更累，一个又一个亲近之人的离去。
皇帝稍微恢复了点元气，伸出那枯老的手，摸着朱由学那还算是稚嫩的脸庞。
“皇爷爷您醒啦”朱由学被皇帝一摸给摸醒了，朱由学握着皇帝的手。“来人呀，去叫御医过来。”
好几个御医过来，轮流都上去诊断一番，又开了一剂保守的安神养身的方子，就退了下去。
皇帝用他那虚弱的声音，断断续续的，叫左右去将太子和方从哲给叫来。
大半夜的，太子二人接到圣上口谕，紧忙从温柔乡中起来，赶往宫里。
到那，皇帝也没说什么，就是拿出一诏书，上面大体意思就是说，首辅方从哲要带领百官辅佐太子监国之类的话。这诏书，无非是让太子理政有法可依。