把刘光复押往朝房里去。
方从哲等一般大臣们，慌忙跪下叩头说：“小臣们无知，胡说八道，望皇上暂息雷霆之怒。”
这时候，皇帝的怒容才告收敛，后又慢悠悠地说道：“如今，太子年已鼎盛，假使朕有其他的想法，为什么不早作变更？现在还有什么可怀疑的？况且福王已早去洛阳，离这里好几千里地，若不是朕亲口宣召，他难道能飞回来么？再者，太子已有数个男孩，现在都已来到这里，你们尽管看清楚了。”
皇帝说到此，随即让内侍拉几个皇孙到石级上，由各位文武大臣审视清楚，接着又继续说道：“各位爱卿可看清楚了，朕的这几个孙子全已长大成人了，而且个个都聪慧，还有什么可议论的呢？”
皇帝说完，又看着太子说道：“你还有什么话，今日不妨对着各位文武大臣也说个明白。”
太子朱常洛听了，整理了下言语，便说道：“像张差这样疯疯癫癫的人，杀掉算了，何必还要株连旁人？朝廷以外的人，不了解情况，他们怀疑我父子关系，你们能不了解？也跟着起哄？难道你们能忍心不要国君么？那么本太子怎么能不要父皇？何况我与皇父之间何等亲爱！你们到底安的是什么心，一定要我当一个不孝顺的皇子呢！”
万历皇帝等太子朱常洛说完，又一次向各位大臣说道：“刚才，太子所说的，你们都已经听清楚了吗？”
下面各位文武大臣，急忙齐声答道：“臣等都听清楚了。”
神宗皇帝这才命令各位大臣退下，自己又率领太子、皇孙们向太后遗位前再三叩谢而出。
又隔了几天，那案子已作了结案，判定张差磔刑。何谓磔刑？也就是常人所谓的五牛分尸，即用五条大牛，分别拉住犯人的头、两手、两脚，然后分别赶牛向前走去。结果犯人被拉成五份。这是一种极为残酷的刑罚。
判马三财等流放外地，对李自强、李万仓均给予笞责了案。对庞保、刘成两个太监，杖毙于宫中。
那些‘多管闲事’的人，也受到了处理。刑部牢头王之寀被削职为民，工科给事中何土晋处以外调，户部郎中陆大受被夺官??????，刘光复被拘禁于狱中，过了好长时间才被释放出来。
关于那红封教，早在案件结束之前，在一个夜晚，教内重要成员全部横死总部，数日后才被人发现。
京师外的一座院子，也在案子结束时，被封查了，里面搜查出不少禁制兵器，众人本以为会深查下去，但一到密令的到来，搜查人员全部撤回，被封口不许说出这里的事情。