由兒子鄭經接任，陳永華輔佐。鄭氏在台灣致力於開發並建立制度, 然而由於長期致力於與清朝的作戰, 施政苛酷. 鄭經死後, 因繼承政權而內鬥,後由十二歲的次子鄭克塽繼位. 鄭氏台灣被降將施琅打敗，鄭克塽於1683年投降，臺灣於1684年4月收歸康熙皇帝版圖。
清朝治理時期
清朝消滅鄭氏政權後, 對於接下來應該放棄或佔領台灣產生爭議, 後康熙皇帝採納施琅建議, 繼續佔領台灣.
1684年4月，台灣（時為台灣府）正式納入中國版圖，隸屬福建省，下設台灣縣，鳳山縣與諸羅縣。清朝『政府』對於台灣的建設卻是極為消極的, 目的只在避免台灣再度成為盜匪與反抗者的根據地. 清朝在台駐軍皆由大陸調派, 每三年調動一次,以防軍隊造反. 清朝『政府』更將十幾萬台灣居民強制遣返大陸原籍, 又對大陸人民移民台灣嚴格限制, 禁止攜帶家眷, 移民只好與平埔族女子通婚, 因而有所謂有唐山公, 無唐山媽的說法.1874年日本藉口牡丹社事件對台灣出兵,清朝因此驚覺,派欽差沈葆楨來台積極經營.沈在台灣重新整理不良制度,開煤礦,辦郵政.後有丁日昌繼續經營.其後台灣又在中法戰爭中遭到法軍攻擊, 清朝派遣劉銘傳來台.在1885年正式在臺灣設省,台灣在 1891年有了中國第一條關辦客運鐵路, 南北普設電報可通福州, 設立郵政與新式學堂, 台北城的街頭亮起了路燈.
台灣在清朝的治理下, 有許多的反抗運動, 有所謂三年一小反, 五年一大反的說法,民風剽悍. 武裝起義或騷擾事件當中，一七二一年的朱一貴之亂(國號永和)、一七八六年的林爽文之亂、以及一八六二年的戴『潮』春之亂，被稱為清朝統治下台灣的三大「叛亂案」。
台灣人民互相也經常發生大規模的械鬥, 移民依照其原籍分成泉州, 漳州, 客家等派系, 彼此常因水利或其他問題發生嚴重的衝突.
隨著清朝末年列強的侵略, 台灣的淡水, 安平, 打狗等港口因此得以和各國貿易,重新回到國際貿易的舞台.
1895年中日第一次戰爭失敗，李鴻章在日本馬關簽訂馬關條約，割讓臺灣、澎湖與遼東半島。
台灣民主國
滿清『政府』在馬關條約中割讓台灣, 事前卻完全將台灣官民蒙在鼓裡, 真可謂人為刀俎我為魚肉. 原本希冀能靠英法等國的介入而阻止台灣落入日人手中,但最後終究失敗. 丘逢甲代表台灣人民, 表示拒絕割讓的決心.一八九五年五月二十三日發布「台灣民主國獨立宣言」。二十四日將宣言譯成外國語送至各國駐台領事館，二十五日舉行獨立典禮。唐景崧被推為台灣民主國的總統同時制定藍地黃虎的「黃虎旗」為國旗、刻有「民主國寶印」文字的國璽、以及建年號為「永清」。台灣第一富豪林維源，雖被推為國會議長，但堅辭不肯，捐獻銀一百萬兩給民主國後，獨立慶典的第二天就潛逃至廈門。唐景崧被迫就任總統,兩週後趁機捲款逃回中國大陸.急就章的台灣民主國像一場鬧劇般的快速崩潰.
日本海軍上將樺山資紀授命為台灣總督,會同北白川宮能久親王一起接收台灣. 中國代表李經芳﹝李鴻章之子﹞不敢在台灣土地上交接, 只好在三貂角外海舉行儀式.日軍在台灣軍隊的反抗下仍然由澳底登陸,佔領基隆. 滿清的湘勇與廣勇在日軍登陸後到處放火搶劫,毫無軍紀. 鹿港人辜顯榮受台北士紳及外國商人之託，前往基隆，要求日本軍儘速進入台北城，並親自擔任嚮導引日軍入
（本章未完，请点击下一页继续阅读）