弗吉尼亚大学课程设置的基本原则主要体现在《弗吉尼亚大学筹备委员会报告》中。报告将开设的课程分为10大门类，分别是古代语言、现代语言、纯数学、物理数学、自然哲学、植物学和动物学、解剖学和医学、政治学、法学和道德哲学。除了正式规定的课程之外，还有三类非正式课程:身体锻炼和军事演习;手工训练;舞蹈、音乐和绘画。这些占据娱乐时间用来丰富生活的活动交给辅助的教师负责，由学生自费完成，大学可以提供场地。杰斐逊以“实用“为标准的课程选择原则影响了南部和西部一大批新兴州立大学的课程设置，代表了实用主义高等教育哲学在美国的最初发展。
1824年，弗吉尼亚大学董事会接受了选修制，在章程中明确规定“每位学生都有且只有参加自己选择的学院的自由“。与今天的选修制不同的是，这种选择自由是选择学院的自由而不是选择具体科目的自由。由于当时知识专业化程度较低，许多学科尚未分化，在实际意义上，这种选修是一种学科大类的选修，而且一旦选定就要跟随教授学习固定的课程。选修制度的实施是杰斐逊学术自由原则在学习自由上的具体体现。与此前教派学院中单一的必修课程截然不同，它给予学生选择学院和修学年限的自由，从而在整个美国高等教育中开创了一种新的课程管理制度。
在学生管理上，杰斐逊认为，建立在恐惧之上的管理不会带来良好的品行，相反，用荣誉和自尊引导充满生气的年轻人才不会使他们做出丧失体面的轻率举动。为此，他将维持纪律的责任更多地留给了学生，建立了由6人组成的学生自治团体，他们“由教师从最正直的学生中选出，其职责是成自治团体、调查真相、提出惩罚建议。“董事会建议，被指控犯有轻罪的学生由他们的同龄人来处理，让他们从中学会自我管理与
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