力抵制美国的渗透，因而有意把路易斯安那地区再还给法国，以此作为遏制美国渗透的屏障。1801年，双方签订了一个秘密条约，达成协议，法国接管路易斯安那地区，同时保障西班牙在该地区的某些权利。这对于美国来说是一个严重的威胁，因为法国政策强硬，如果法国占领了整个密西西比河流域，美国将失去一个南北交通的大动脉。杰斐逊立刻和国务卿詹姆斯·麦迪逊对这个问题进行研究，指令美国驻法公使罗伯特·利文斯顿和美国驻西班牙公使查尔斯·平克尼弄清楚这个秘密条约的具体条款，并声称“谁占领新奥尔良，谁就是美国的敌人“。
1802年7月14日，西班牙国王命令新奥尔良总督取消美国的存栈权(在奥尔良港口存放货物的权利)，阻塞了美国沿密西西比河南下运送货物的渠道。杰斐逊认为这是法国挑唆的结果，于是在密西西比河流域集结军队，做出随时准备进击新奥尔良的样子。但是，面对强大的法国，杰斐逊并不想真正开战，他不过是以战争对法国进行恫吓和要挟，试图将法国的势力排斥在路易斯安那之外。在集结军队的同时，杰斐逊派谴门罗和利文斯顿前去巴黎商谈以购买的方式取得新奥尔良和佛罗里达。鉴于当时的国际局势，法国也急于解决路易斯安那问题。双方商谈的结果是，美国只用了1500万美元就买到了整个路易斯安那，和平解决了路易斯安那危机。路易斯安那购买成为杰斐逊总统任期内最大成就之一。
海上贸易自由
杰斐逊就任总统之时，正是拿破仑战争的战火席卷欧洲大陆之际。英国利用其海军优势，对法国及其殖民地进行了严密的海上封锁，同时强征水手进入英国海军服役，许多美国水手也成了被强征的对象。 到杰斐逊执政后期，这种局势愈演愈烈。1807年6月22日，英国的“豹“号军舰炮击美国的“切萨
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