空运
阿姆斯特丹史基浦国际机场多年来一直是欧洲四大航空枢纽之一，已经与近100个国家的332个机场间建立了直航。鹿特丹、埃因霍温、马斯特里赫特、莱力斯塔等城市有4个中央政府管理的机场，主要停靠往返于欧洲地区国家的廉价航班；登海尔德和埃因霍温有两个军民两用机场；此外还有12个省级政府管辖的小型民用机场。
2020年，荷兰全国航空货运量为157.7万吨，同比下降6.18%。受新冠肺炎疫情影响，全国航空客运量显著下降，2020年客运量为2360万人次，同比下降70.96%。其中，阿姆斯特丹史基浦国际机场运送旅客量从2019年的7168万人次下降至2020年的2088万人次，货物吞吐量降至144万吨，排名均位列欧洲第三。
水运
荷兰海运业发达，是欧洲最重要的海运中心之一。除拥有欧洲最大的鹿特丹港外，还拥有阿姆斯特丹港、泽兰港等港口，与周边各国港口均实现了高效便捷的互联互通。根据欧盟统计局的数据，2019年荷兰海运货运量达6.08亿吨，客运量达198万人次。
鹿特丹港是荷兰乃至欧洲最重要的港口，自1961年起吞吐量雄踞世界港口榜首达43年之久。2020年，鹿特丹港吞吐量达到4.368亿吨，较上年度下降6.9%，排世界第11位，欧洲第一位。该港港区面积约127平方公里，码头总长42公里，吃水最深处可达24米，是500多条航线的船籍港或停靠港，通往全球1000多个港口，货运量占荷兰全国的近80%。鹿特丹港基础设施完善，是西欧地区散货、原油、集装箱的最大集散中心。该港拥有世界上最先进的ECT集装箱码头（即无人操作
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