班牙本土（特别是卡斯蒂利亚地区）的税收仍然是殖民帝国最重要的收入来源。尽管从17世纪40年代开始，西班牙诸国便经历着军事力量和经济实力的衰退，但是自1580年西班牙诸国和葡萄牙王国形成君合国（1640年重新分离）开始到19世纪其失去美洲殖民地，期间它都是世界上最大的殖民帝国。面对新的挑战以及殖民帝国建立过程中遇到的困难和灾难，西班牙的思想家们在自然法、国家主权、国家法、战争和经济等方面阐述最初的现代思想。在萨拉曼卡学派等的影响下，他们甚至对帝国主义的合法性提出质疑。
西班牙哈布斯堡王朝
西班牙诸国在哈布斯堡王室统治时期达到顶峰，随后又陷入衰退。身兼神圣罗马帝国的皇帝和西班牙诸国的国王查理五世（卡洛斯一世）治理下的西班牙诸国在欧洲的领土达到极限。
由于胡安王子和伊莎贝拉公主先后去世且都没有存活的后代，胡安娜和菲利普夫妇成为双王的继承人。1504年伊莎贝拉一世驾崩，胡安娜和菲利普继位，菲利普称费利佩一世。1506年费利佩一世驾崩，斐迪南成为卡斯蒂利亚摄政，1509年以胡安娜精神失常为由将其关在一家修道院里。1516年斐迪南驾崩，胡安娜继位为亚拉冈女王，胡安娜的长子查理也根据母权继位称共治国王卡洛斯一世，名义上与胡安娜共治，但胡安娜仍然被关在修道院里直到1555年驾崩。1519年，卡洛斯登基为神圣罗马帝国皇帝查理五世。从此西班牙诸国便越来越深地卷入欧洲的王朝斗争之中。
查理五世并不经常待在西班牙，而在其弥留之际，他将哈布斯堡的庞大遗产分为两部分：一部分是西班牙诸国及其在地中海和海外的财产，另一部分是神圣罗马帝国。此外，哈布斯堡在尼德兰的财产仍然归属于西班牙国王。