拜因以及阿尔布雷希特·丢勒。约翰内斯·谷登堡将活字印刷术引入欧洲，为日后知识的大众化创造条件。
1517年，维滕贝格教士马丁·路德撰写九十五条论纲，挑战天主教会（罗马公教会）并引发宗教改革。1555年的《奥格斯堡和约》宣告路德宗为可接受的天主教替代信仰，但还规定诸侯的信仰应为其子民的信仰，这一原则称“教随君定”（Cuius regio, eius religio）。和约未涉及其他信仰，由此归正宗仍为异端，而其原则亦未涉及神权领袖改信的状况（如1583年科隆选侯国的情形）。自科隆战争至三十年战争（1618–1648）的一系列宗教战事对德意志地区造成严重的破坏，其中后者导致诸邦国总人口减少近百分之三十，而在一些地区人口减少高达百分之八十。《威斯特伐利亚和约》的签订终结德意志诸国的宗教战事。1648年后，德意志诸侯可选择天主教、路德宗及归正宗为其国教。
18世纪，神圣罗马帝国由近1,800个领地所组成。由帝国改革（1450–1555年）推动的法律体系建立帝国政治体，并在其神权、世俗及世袭邦国中确定一定程度的地方自治权，由帝国议会代表。哈布斯堡王朝自1438年起保有帝国皇权。1740年查理六世过世；其生前无嗣，由此说服各选帝侯接受《国事遗诏》以确保王朝统治。这一问题通过奥地利王位继承战争最终得到解决：《亚琛和约》规定玛丽亚·特蕾西亚的丈夫将继承神圣罗马帝国皇位，而特蕾西亚将以皇后之名统治帝国。自1740年起，奥地利哈布斯堡君主国同普鲁士王国的二元之争主导德意志地区的局势。法国大革命战争及帝国议会最终会议之后，多数世俗的帝国自由城市均为各王朝吞并，而
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