第二大河流，它流经关东平原融入太平洋。第三大河流是北海道的石狩川，全长约268千米。
日本的湖泊数量不是很多。日本面积最大的湖泊是位于滋贺县的琵琶湖，其面积达670.3平方千米。琵琶湖属于构造湖，其历史相当长，生态系统多样，也是关西地区重要的水源。而最深的湖泊是秋田县的田泽湖，最大水深423.4米。海拔最高的湖泊是栃木县的中禅寺湖，湖面海拔1269米。因日本火山活动频繁，日本的湖泊中火山口湖和断层湖较多，如屈斜路湖、支笏湖、洞爷湖、十和田湖等。沿海地区则有一些湖泊是海迹湖，如八郎潟、霞浦、滨名湖、中海等。为实现发电和河流开发等目的，日本也兴建有很多水库 规模较大的有黑部水库和德山水库等。
海洋
日本海岸线全长33889公里。由于日本是一个岛国，因此其海岸线十分复杂。西部日本海一侧多悬崖峭壁，港口稀少，东部太平洋一侧多入海口，形成许多天然良港。
在东部太平洋一侧自南向北均被日本暖流（黑潮）环绕、东北部形成千岛寒流（亲潮），西部日本海一侧是对马暖流和里曼寒流。在寒流和暖流交汇处，鱼类资源丰富，成为天然渔场。由于地处海洋的包围之中，终年温和湿润，冬无严寒，夏无酷暑。夏秋两季多台风，6月份多梅雨。1月平均气温北部-6℃，南部16℃；7月北部17℃，南部28℃。年降水量700毫米至3500毫米，最高达4000毫米以上。
自然灾害
2016年5月16日，日本关东地区16日晚发生5.6级地震，东京震感明显。
据日本气象厅发布的信息，此次地震发生在
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