耕地的人永久拥有耕地，他们结合成利益集团，更武力兼并庄园，渐成各地武家实力的来源。
幕府时代
镰仓幕府
源赖朝平定平氏后，建立以镰仓为全国政治中心的武家政权时代。始于1185年（文治元年）镰仓幕府成立，终于1333年（正庆二年、元弘三年）幕府灭亡，历经149年。始期另有1180年说、1183年说、1192年说（源赖朝出任征夷大将军）。
在北条时宗在位的时候，元世祖忽必烈曾两次侵日未果。后期，幕府的统治日渐衰败，无法维持，终于后醍醐天皇举兵，然后被讨伐大将、上野大族足利尊氏的倒戈而灭亡。
南北朝时代
后醍醐天皇消灭了镰仓幕府后，就进行了第一次的王政复古，推行新政，史称建武新政。足利尊氏迫后醍醐天皇退位。新天皇光明天皇策封他为征夷大将军，是为北朝。后醍醐天皇退位后持着天皇象征的三神器退往大和的吉野（今奈良县），是为南朝，至此南北朝终于形成。
室町幕府
足利氏原是上野豪族，而且更是镰仓幕府将军源赖朝同族，足利尊氏在京都的室町开设幕府，是为室町幕府。南北朝的统一是第三代将军足利义满进行的，他统一了以后，曾企图篡夺皇位。但在他死后，第四代将军足利义持阻止了此事。由于当初足利氏为了对付南朝，必须于京都开设幕府，而在镰仓设公方府，引来了关东大乱。
在第八代将军足利义政在位的时候，因继承权问题爆发了应仁之乱，自此幕府的权威日下。原本受幕府策封于各地的守护大名，有的渐渐被守护代（副官）、家臣、国人篡夺政权，有的可以保持政权至战国时代。从应仁之乱开始，至足利幕府灭亡，称为战国时代。
安土桃山时代
天正元年（1573年），织田
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