到横须贺与横滨城遭受攻击，横须贺已被中国占领，“神风”特攻队全军覆没，中国舰队正向东京移动的消息以后，彻底的崩溃了；陆奥宗光、山本权兵卫、西园寺公望等日方重臣当天即在家中剖腹自尽了。日本天皇惟恐五年前的灾难重演，在当天下午立即宣布接受中朝最后通牒，无条件投降了。
2月5日，日本临时外相--大鸟圭介在停泊于东京附近海域的中国战列舰“『射』日”号上正式签署了投降书，中（包括朝鲜）日第二次大战于1899年2月5日下午2时正式结束。
2月7日上午，大鸟圭介又在北京与吴波签定了《中日北京条约》。条约规定：
1，日方赔偿中方2亿元人民币（中国货币改革后的流通物），首付两千万元，余款分九年还清。
2，中国收回琉球群岛的主权。
3，日方割让壹岐岛与中国，割让对马岛与朝鲜。
4，日方不得拥有10万以上的陆军部队，解散海军部队，并不得拥有千吨以上的战舰，海防由中国负责。
5，在签定通商行船章程前，中国派兵占领横须贺。
6，日方未经中国同意不得与他国从事贸易往来。
7，日方不可以采购除中国以外的任何国家的军工产品及军用物资。
2月10日，中国在派遣由2艘装甲巡洋舰（原日本投降的军舰改进型）、1艘“雕”级巡洋舰、2艘驱逐舰、3艘近岸炮艇组成的舰队（隶属太平洋舰队）进驻壹岐岛后，正式行使中国的主权。
1899年2月15日，为谋求在日本的海军基地，德国皇帝-威廉二世访问中国，与杨城密谈租借日本种子岛问题。德国皇帝在承诺无偿援助中国一批大型机器设备后，两国领导人就日本种子岛问题达成私下谅解。当天下午，德国正式通知中国，德国舰队将在种子岛登陆，并租借种子岛。日本『政府』当即表示抗议，其本想借助中国的力量迫使各国撤退，但在中国压力下一切努力都是徒劳的，日本只能谋求妥协。3日后，在中国的监督下，两国在东京正式签订了《日德种子岛租借条约》。
中德两国在日本的行动引起了英国极大的不安，历来在亚洲的对别国行动中居于主导地位的英国，此时觉得落后了，几乎丧失了在日本对一切事物的支配权。英国内阁在紧急商讨后，决定从印度洋舰队中象征『性』的向日本派出了1艘快速巡洋舰、1艘驱逐舰，以向中德两国表明“英国船舶有充分权利访问日本的沿海口岸”。同时，在日本高层大肆活动，胁迫、引诱他们提出联英的主张。但是他们不知道的是，日本海防已经不归其做主了，在英国军舰来到南海附近海域时，立即遭到了中国南海舰队和越南海军的拦截，在南海舰队2艘“迅猛龙”级战列舰、越南5艘重型战列舰（原中国的“威”字级战列舰）的胁迫下，灰溜溜的返回了印度。
与此同时，俄国这几年在海参崴刚刚建造的6艘轻型巡洋舰，也陈兵日本北海道附近的津轻半岛。还协调外交政策，并宣布不再积极过问朝鲜事务（自从中国帮助南和政权统一朝鲜后，他就经常对朝鲜问题指手画脚），妄图取得中国对其远东战略的支持，以换取中国不反对其侵占日本北海道；但被中国严词拒绝，并迅速调遣太平洋舰队郁陵岛分舰队的战舰驱逐了俄国舰艇，中俄矛盾进一步升级了。
法国也因《中法北京和约》的限定而无能为力。
中国迫使日本投降后，列强企图瓜分日本沿海军事基地之风被中国利用其强大的海军力量迅速的扼杀了。不过，中国也就此加深了与各国列强的矛盾。