，荷兰东印度殖民当局陷入一片恐慌之中，再加上荷兰殖民军主力均在婆罗洲，爪哇荷军数量少，而且缺乏训练，因此，当苏门达腊华人民团在中国海军的掩护下实施爪哇岛登陆作战之后，几乎没有遭遇抵抗，并于4月27日下午攻占巴达维亚，荷兰东印度总督府前的荷兰旗飘然落地，稍后，一场海战在巴达维亚近海展开，经过半个小时的战斗，荷兰海军派驻东印度殖民地的最后一艘巡洋舰被中国海军击沉，至此，荷兰已完全失去在东印度群岛的制海权。
巴达维亚战役结束当晚，中国外务部召开特别会议，宣布支持苏门达腊独立主张，中国海军将协助当地民团继续作战，直到荷兰接受苏门达腊独立现实，同时，外务总长唐绍仪也对记者表示，此次南洋战争中，中国、日本各自单独作战，并非联合作战，因此，从法律上讲，中国与日本并未正式结成军事同盟，中国将在欧洲战争中继续保持中立立场。
4月28日，巴达维亚陷落的消息得到证实，荷兰国内一片恐慌，金融发生剧烈动『荡』，由于关于荷兰『政府』即将参加对德战争的谣言四起，荷兰国内食品与燃料价格猛涨，并最终引发国民抗议，荷兰首相不得不发表公开讲话，宣布荷兰将继续在协约国与同盟国的战争中保持中立，以此稳定人心，作为对荷兰『政府』表态的反应，英国『政府』和法国『政府』在荷兰首相发表公开讲话当天即宣布停止对南洋战争的调停努力，并在中荷、日荷战争中保持中立。
4月29日，走投无路的荷兰『政府』向美国『政府』寻求帮助，经过两日磋商，美国『政府』在犹豫之后，终于在5月1日宣布接受荷兰『政府』的托管请求，从当天起，美国菲律宾殖民当局将从荷兰东印度殖民当局手中接管婆罗洲的一切事务，并宣布，从5月1日起，直至战争结束，婆罗洲地区为“局外中立地区”，任何交战国的武装力量和准军事组织都不得在这一地区实施敌对军事行动，否则，美国军方将采取必要措施维护婆罗洲地区的和平与稳定。
5月1日下午，美国『政府』通过外交机构分别向中国、日本『政府』递交了相关外交文件，就婆罗洲地区在南洋战争中的地位问题与两国『政府』进行了交涉，当天晚上，中国中枢『政府』宣布接受美国方面建议，不对婆罗洲地区实施军事行动，次日下午，日本『政府』也宣布接受美方立场，不对婆罗洲用兵。
5月2日，中国海军南洋分舰队炮击了爪哇岛东部重镇泗水，并掩护苏门达腊民团实施登陆作战，于当天控制泗水，至此，荷兰在爪哇岛的殖民统治土崩瓦解。同日，中国陆军局部动员，首批陆军部队由广州登船，前往海南岛。
同一日，日本海军舰队进攻马鲁古群岛，并出动飞机轰炸了岛上荷军兵营。
面对中日两国军队的夹攻，荷兰东印度殖民当局已完全无法控制当地局势，婆罗洲、马鲁古、锡里伯斯、安汶等地区陆续爆发土著民暴动，荷兰对东印度群岛的殖民统治已呈土崩瓦解之势，东印度群岛的动『荡』局面进一步波及到了整个东南亚地区，马来亚、菲律宾、法属印支殖民地、英属缅甸殖民地均发生了反殖民暴动，虽
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