玉田、粟县的攻防战一直持续了三个多月，以多尔滚率军撤回山海关宣告结束。
此战，吴三桂、耿仲明、尚可喜等伪军部队伤亡二十一万人马，清军伤亡近四万人，而玉田防线和粟县防线固若金汤。
眼见己方伤亡惨重，士气低落，明军士气高昂，且援军源源不断抵达，再加上寒冬将近，多尔滚不得不下令撤军。
随后，朱有兼任命秦良玉为总司令，蓝方为副司令，军师顾君明为参谋总长，指挥第一二战斗群打响收复山海关的战斗。
三百多门大小口径的大炮对着山海关狂轰滥炸，伪军和清军虽然想死守这座坚城，但在漫天炮火轰击下伤亡惨重，加上城里的百姓和伪军不堪忍受清军的欺辱，自发地组织起来，里应外合，打开城门，迎大军杀进城里。
清军和伪军仓皇撤退，因城池失陷太快，多尔滚挟裹全城百姓退回关外，放火焚城的计划破产，阿济格等名将也在混乱中被狙击手狙杀。
大军收复山海关后，朱有兼运来大量的水泥和泥瓦匠，重新修筑伤痕累累的山海关城，大明进入两年的休养生息期。
在收复山海关的战斗期间，大明境内先后爆发十几起由士族豪强策划的暴乱，但都被孙传庭、蓝方、红娘子率军铁血镇压。
最大最危险的一次暴乱是由东林党和京师的士族豪强联手策划，他们趁前线战事吃紧，第三战斗群紧急往增援的时候，通过收买等手段，先控制京城四座城门，然后集中兵力进攻皇宫，只差那么一点就攻破皇宫，杀进宫里，把狗昏君弄死了。
不过，他们不知道，这是朱有兼给他们挖的大坑，甚至以自己为诱饵，把徐玉统领的第三战斗群调往玉田防线，京城只留下常不周的皇家近卫团守卫皇宫，等到这些人发动叛乱的时候，徐玉率第三战斗群杀了一个回马枪。
皇家第一师本来就是经历了血与火考验的精锐师，且全师装备了DM2型步枪，战力飚升，岂是仍然使用刀剑等冷兵器的世族豪强的私兵能抗衡，加上这些私兵攻打皇宫时伤亡惨重，士气早降，第三战斗群一杀回来，马上崩溃。
对朱有兼来说，这是扫清所有障碍的绝好机会，他不仅下令把所有参与叛乱的东林党人和世族豪强一锅端掉，还把那些表面中立，却暗中支持叛乱的世族豪强富商全部清理掉，狠狠地发了一大笔财。
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