在朱元璋灭掉陈友谅之后，放眼天下群雄，已然没有可以与之一战的对手。所以，在朱元璋称吴王之后，其野心便进一步膨胀了，下一步的计划便是称帝。
实际上，称帝不仅是朱元璋的野心，也是他帐下文官和将领的野心。试想，如果朱元璋称帝了，那么这些跟着朱元璋打天下的文官和将领岂不是从龙之臣，岂不是人人都会有一个锦绣前程。
然而，在朱元璋称帝道路上有一个显眼的绊脚石，这一个绊脚石与朱元璋有着名义的“君臣之义”。所以，在将这块绊脚石除掉之前，朱元璋是不能称帝的，否则名不正而言不顺，会被天下人耻笑的，还会被天下人骂为乱臣贼子。
这一个绊脚石便是身处滁州的“小明王”。此时的他尽管享受着朱元璋的保护，享受着一般人难以想象的荣华富贵，但实际上他并不开心。因为伴随着朱元璋的一份又一份的捷报，他预感到勒在自己脖子上的绞绳越来越紧了。
尽管曾经名动天下的名将刘福通就守候在“小明王”左右，但是也无济于事。此前，刘福通保护着“小明王”从安丰城突围，其帐下本不多的兵卒被朱元璋调往他处。所以，此时的刘福通空有满腔抱负，但是手中无兵可用，巧妇难为无米之炊。
因此，此时的“小明王”已经成为朱元璋手中的一个傀儡，成为朱元璋号令天下群雄的一个吉祥物，成为朱元璋强化自己身份的护身符。
而且，在朱元璋发布檄文与红巾军告别之后，他完成了身份与角色的彻底转变，从之前破坏社会秩序的造反派变成了维护封建礼教的卫道者。此时的“小明王”对朱元璋来说，已经没有了多大用处，如果继续将其留下来，反而多生祸事。
至正二十六年（公元1366年）年底，朱元璋下令决心除掉阻碍自己称帝的绊脚石，他派遣心腹大将廖永忠到滁州迎接“小明王”和刘福通，密令其在途中除掉“小明王”和刘福通。
当载着“小明王”和刘福通的船只在瓜州横渡长江时，廖永忠派遣多名水鬼在江心将船只凿沉。伴随着滔滔江水，“小明王”和刘福通命丧黄泉，所建立的宋朝也烟消云散。据说，“小明王”在临死前高呼“我本无意做皇帝，奈何命运多蹉跎。”
在验明“小明王”和刘福通殒命之后，廖永忠回到应天城复命。朱元璋在听到“小明王”和刘福通的死讯之后，静静地坐了半晌，心中久久不能平静。一个旧的时代宣告结束，一个新的时代马上开启。
从此之后，朱元璋不再提红巾军，不再提“小明王”，不再提龙凤年号，连当年在镇江西城矗立的大败东吴纪功碑，也因为碑文中有龙凤年号，所以也被下令锤毁了。朱元璋用这种销毁方式，清除着他与红巾军的关联，清除着他曾经的戎马岁月。
文书上的龙凤史料，更是被销毁得一干二净，仿佛就没有这段记载一样。朱元璋死后所编写的《明太祖实录》，更是只字不提朱元璋与“小明王”之间的臣属关系，这一段历史被湮灭和曲改了几百年，成为了一桩历史公案。