“小明王”登基为帝后，只是空有一个皇帝的名头，实际上没有任何的实权，朝中大权均由刘福通掌握。如同东汉末年的曹操一样，他立汉献帝为皇帝，然后挟天子以令诸侯。
东系红巾军之所以将“小明王”立为皇帝，也是其内部多方权力角逐的结果。红巾军以秘密宗教起家，而“小明王”韩林儿的老爹韩山童是北派白莲教会首，是红巾军的灵魂人物，所以将“小明王”立为皇帝，具有一定的宗教合法性。
在“小明王”称帝之初，朝中大权一开始掌握在丞相杜遵道手中。而刘福通自认为功劳最大，对此很是不服，便暗地里埋伏刀斧手，杀掉了杜遵道。然后，刘福通自封为丞相，不久又改作太保，牢牢地把握了东系红巾军的军政大权。
尽管刘福通大权在握，但是其并没有很高的政治智商，也没有很高的军事谋略。领兵在外的大将们不满刘福通的专擅跋扈，再加上与刘福通在教中是同等辈分，所以不太听刘福通的调令。因此，这就导致东系红巾军尽管兵力众多，但是军令不一，难成大事。
有时红巾军攻占了一个地方，但是由于军心不齐，不久又被元军收复了。有的红巾军部队由于上级指挥失误，导致突进元军势力范围太远太
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