礼事务：选用原方腊部下文官谭高。
主客清吏司﹐掌宾礼及接待外宾事务：选用原方腊部下文官桓逸。
精膳清吏司﹐掌筵飨廪饩牲牢事务，任命宋江弟弟铁扇子宋清。
兵部尚书由方腊担任，侍郎为方天定。
武选清吏司﹐考核武职官员的品级与选补﹑升调﹑承袭﹑封赠诸事﹐并管理土司，选用方腊原丞相娄敏中。
车驾清吏司﹐掌全国马政及驿传等事，选用方腊原中枢官员贺从龙。
职方清吏司﹐掌武职官员的叙功﹑核过﹑抚恤﹑军旅之简阅﹑考察﹑巡防等事﹐并管理关禁与海禁，选用方腊原中枢官员刑政。
武库清吏司﹐掌全国之兵籍﹑军器并武科考试之事，选用方腊原文官冯喜。
刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构﹐在莫飞这里，只负责制定律令，由铁面孔目裴宣为刑部尚书，原方腊部下文官高玉为侍郎。
工部为管理全国工程事务的机关，职掌土木兴建之制﹐器物利用之式﹐渠堰疏降之法﹐陵寝供亿之典，凡全国之土木﹑水利工程﹐机器制造工程(包括军器﹑军火﹑军用器物等)﹐矿冶﹑纺织等官办工业无不综理﹐并主管一部分金融货币和统一度量衡，以崔州平为尚书，方腊原文官祖士远为侍郎。
营缮清吏司﹐掌宫室官衙营造修缮，选用梁山好汉九尾龟陶宗旺。
虞衡清吏司﹐掌制造﹑收发各种官用器物﹐主管度量衡及铸钱，选用梁山好汉玉臂匠金大坚
都水清吏司﹐掌估销工程费用﹐主管制造诏册﹑官书等事，选用方腊原文官卫忠。
屯田清吏司﹐掌陵寝修缮及核销费用﹐支领物料及部分税收，选用玩家文官听雨斋。
六部方面，中规中矩，唯一让人猜不透的，是娄敏中。
作为方腊势力的原任宰相，娄敏中毫无疑问是一个相当不错的文官，但是他的任命，却让人摸不着头脑，居然只是在方腊之下管一个小小的司，难免是大材小用了。
殊不知，莫飞这是要控制一下。
宋江方面已经坐大，方腊这边也有好几个大将坐拥兵权，莫飞无意去控制这两组npc实力的兵权，却得防备其文官势力的坐大。
宋江得到建宁郡郡守的职务，看起來是很受重用的，但包括宋江自己也明白，莫飞这是在传达一个信号，他可以当一个封疆大吏，但是别想着进中枢系统了。
吴用被发给宋江，意味着他也只能跟随着宋江做事，命运相关，不太可能自己平步青云成就更大的事业了。
方腊现在被弄去当兵部尚书，实际上就是给他养老的，游戏和现实毕竟不一样，兵部起到的作用有限，兵权也不在手，就是在那里做事领工资的一白领。
而娄敏中则是被彻底的打压了。
此外，浦文英认领司天监。
紫髯伯皇甫端任职御马司。
金钱豹子汤隆接管最爱兵器打造一切事宜。
各归其职，